首先，它与电动汽车一样，汽车本身是不产生任何废气的。但是大家都知道国家发电的主要方式是烧煤，而这个过程是有污染的。其实，制备氢气燃料要消耗比普通电动汽车更多的能源。不管是采用电解法制氢还是甲烷转化都需要能量。
至少从现在来看氢氧燃料电池汽车并不是更加环保的，但是相信随着技术的进步和发展，未来制备氢气的方式将更加简单、高效。
大家都知道氢气是高度易燃易爆的，所以开着氢氧燃料电池汽车千万不要出事故，一旦搞不好，那可是会爆炸的。
对于车内氢气需要安全可靠的高压容器来储存。此外，氢气还有一个特性是和一般金属接触时会使之脆化，称为“氢脆”。这要求氢气的储运要由特殊的有机材料或者合金材料制成的容器进行。
尽管现在这类容器在安全性和成本控制上已经有了很大进步，但和只需要密封和防高温的油箱或者锂电池相比，一个承压350个大气压还要防氢脆的容器要贵出很多——丰田的储氢罐是采用多层CFRP和凯夫拉的复合材料制成，其成本也是非常高的。
此外，氢气的制备和储存都是非常昂贵的，一个加氢站的建设比一个加油站贵多了。日本的一些加氢站站内有数台加氢机。每一台加氢机，在每小时内，可为5-6辆氢燃料电池汽车加注氢气，加注压力与车内的储氢罐压力相同，都为70MPa，每辆车加注时间3分钟。
至于价格，目前该加氢站的售价为1000日元/kg，每公斤约合人民币52元。当然，这个我们不能直接和汽油升的概念相提并论。毕竟液态氢和日常的汽油是处在不同压力和不同温度下。
加氢的过程也需要及其小心，一旦氢气泄漏，遇到明火就会爆炸，所以加氢的的枪头和车内加氢口都是要特殊设计而且要密封性非常好。
