第二代生物燃料指的是摆脱利用玉米等粮食作物为原料转化为生物燃料的应用模式，继而以麦秆、草和木材等农林废弃物为主要原料，采用生物纤维素转化为生物燃料的模式，发展纤维素乙醇；第三代生物燃料则指木质素降解利用，第二代和第三代生物燃料原料多来自植物秸杆等废料，不会产生与人争粮的情况；利用降解材料作能源，还有利于发展循环经济。
但是，由于第二代生物燃料的技术成本太高一直未能大规模使用。自2008年以来，传统石化燃料价格飞扬，使用大量粮食转化生物燃料导致全球范围的粮荒，第一代生物燃料饱受诟病，原料价格不断高涨，而同时，世界对能源的需求仍呈现不断上升的趋势。在这种局势下，第二代生物燃料的优点显现，其技术成本也基本和传统石化燃料以及第一代生物燃料成本持平，大规模的利用即将成为现实。
8月2日，墨西哥航空公司一架以生物燃料为部分燃油的航班，成功降落在西班牙首都马德里。这标志着墨西哥航班首次使用生物燃料，完成跨越大西洋的商业飞行。这架波音777－200型客机共搭载大约200名乘客。发动机70%的动力来自传统化石燃料，而其余30%则采用生物燃料，其主要成分为墨西哥生产的专供航空使用的麻风树油。此次具有先锋意义的飞行，标志着以生物燃料为部分燃油的长途飞行已经成为现实，而这架航班的机长更是将此次跨洋飞行与人类第一次成功登月相媲美。
