为贯彻落实党中央、国务院关于环境保护督察的重要决策部署，2016年11月28日至12月28日，中央第二环境保护督察组对上海市开展环境保护督察，并形成督察意见。经党中央、国务院批准，督察组于2017年4月12日向上海市委、市政府进行了反馈。反馈会由应勇市长主持，朱之鑫组长通报督察意见，韩正书记作表态发言，黄润秋副组长，督察组有关人员，上海市委、市政府领导班子成员及各有关部门主要负责同志等参加了会议。
督察认为，2013年以来，上海市委、市政府深入学习贯彻习近平总书记系列重要讲话精神，着力推动环境保护与经济发展、城市建设有机结合，环境保护工作总体走在全国前列。
上海市坚持每年把解决环保重点、难点问题列入重点工作，全市环境保护投入占GDP比重连续多年保持在3%左右，分阶段推进解决突出环境问题，不断完善城市环境基础设施，建成青草沙水源地、城市外环生态绿化等一批重大工程，实施500公里骨干河道综合整治，环境治理取得明显成效。
持续推进产业调整和转型发展，从源头上减少污染排放。近三年累计淘汰2540项高能耗、高污染的落后产能，加强钢铁、石化等产业产能压减；实施建设用地减量化，实现建设用地减量20平方公里，全部用于增加生态用地。2015年全市建成区绿化覆盖率达到38.5%，绿色发展本底得到加强。
狠抓城市精细化管理，2015年来，针对违法用地、违法建筑、违法经营、违法排污、违法居住等问题，集中力量开展“五违四必”整治，全市28个区块共整治污染源2059处，关闭淘汰企业6033家。全面完成燃煤发电机组超低排放改造和燃煤（重油）锅炉窑炉淘汰或清洁能源替代任务，建成区全面消除散煤燃烧。推进1200余家重点工业企业挥发性有机物综合治理，黄标车淘汰和港口船舶低排放控制工作走在全国前列。探索推进市场化机制，在全国率先推进环境污染第三方治理，并取得较好效果。对建筑工地、码头堆场、道路沿线等扬尘污染实施在线实时监控和动态跟踪，减少扬尘污染。
通过不懈努力，2016年上海市大气二氧化硫、二氧化氮、PM10、PM2.5浓度分别比2013年下降37.5％、10.4％、28.0％和27.4%；全年优良天数占比75.4%，较2013年提高9.4个百分点。地表水环境质量稳定改善，与2013年比，2016年全市考核断面中化学需氧量、氨氮浓度分别下降10.6%和31.7%。
上海市高度重视中央环境保护督察工作，按照边督边改要求，严查严处群众投诉环境案件，并向社会公开。截至2017年2月底，督察组交办的1893件环境问题举报已全部办结，责令整改895家，立案处罚926家，罚款金额6211万元，拘留17人，约谈545人，问责56人。
督察指出，上海市环境保护工作取得明显成效，但生态环境质量依然是影响城市整体发展的一个突出短板，与市民日益增长的环境需求和建设生态宜居城市目标相比还有较大差距。存在的主要问题有： 问题1 部分环保工作放松要求、降低标准 水污染防治行动计划要求，长三角地区近岸海域汇水区域城镇污水处理设施应于2016年底前全面达到一级A排放标准。但上海市2015年12月出台的水污染防治行动计划实施方案则将这项工作完成时限推迟到2020年底。上海市水务局2015年11月印发《违法排放污水行政处罚裁量基准（试行）》，将污水处理设施处于建设阶段导致污水超标排放的情形列为从轻处罚，违反《环境保护法》有关规定。另外，上海市水务部门在核发油墨、淀粉、纺织染整等行业企业排水许可证时放松标准，未执行国家行业标准有关要求。 根据有关要求，上海市生活垃圾应于2015年全部实现无害化处理，处理能力达到3.34万吨/日，但上海市截至督察时实际处理能力仅为2.4万吨/日，缺口较大，导致垃圾非法倾倒事件频发，生活垃圾违规处置问题突出。杨浦区绿化和市容管理局与无资质的个人口头约定，由其承运处理生活垃圾，部分垃圾非法跨省倾倒；嘉定区安亭镇黄渡环卫所违规将生活垃圾及垃圾中转站委托无资质的上海康家有害生物防制有限公司管理，并允许其违规将垃圾运至外省处置。另外，垃圾渗滤液污染问题突出，老港垃圾填埋场渗滤液处理设施升级改造工作滞后，安亭生活垃圾处理厂无渗滤液处理设施，每天大量渗滤液长期超标排入污水管网；宝山区顾村垃圾堆场和闵行区朱家泾垃圾堆场已停运十余年，至今未完成封场，渗滤液流入场外雨水沟或直排河道。 2014年11月，国务院办公厅《关于加强环境监管执法的通知》要求，各地全面清理违法违规建设项目应于2016年底前完成整改任务。但督察组抽查浦东新区、金山区、松江区等地发现，大量违法违规项目未纳入清理范围，仅奉贤区奉城镇就有976个木业加工违法违规项目未纳入清理整治清单。一些列入清理范围的项目也未完成整治，奉贤区奉城镇列入清理范围的46个违法违规项目，有31个仍未完成整治；金山区上海同力混凝土有限公司、上海客乐思人造石制品有限公司应于2016年底前淘汰关闭，但朱泾镇和张堰镇政府擅自将企业淘汰关闭时间调整至2017年底。
