国家重点研发计划率先启动了“大气污染成因与控制技术”、“新能源汽车”、“七大农作物育种”、“干细胞及转化研究”、“化学肥料和农药减施增效综合技术研发”、“数字诊疗装备研发”6个试点专项，并于2015年11月发布了2016年度项目申报指南，拟支持方向100个。
申报截止日期前，共收到719家单位牵头申报的项目申请1286个，其中155家牵头申报单位为高等院校，118家为科研院所，391家为企业，55家为医疗机构等其他事业单位。1286个申报项目的负责人中，45岁及以下为595人，占总数的46.27%。
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