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每年将用旧的废薄膜收好留作土壤消毒用，在7、8月份利用太阳直射时间长温度高来进行土壤消毒。具体方法为：每667平方米施入碎稻草1000—2000kg、生石灰30-60kg(pH6.5以下，如pH6.5以上用同量的硫铵)，深耕，整地成宽60—70cm、高30cm的小厢，这主要是为了增加地表面积使地温升高快。厢面上盖上旧薄膜，沟内灌满水至厢面湿透为止。将温室大棚天膜盖严密封7d以上(天气晴好时为7d，如阴雨天多时间要加长)，采用该方法地表温度可达80℃以上，一般的病虫都能杀死。这种消毒方法因为室棚内温度高，要将室棚内的不耐热的物品搬出室棚外。
也可以看看下面：
1.硫黄消毒：在定植或育苗前。每667平方米（1亩）用硫黄3公斤加6公斤碎木屑，分10堆点燃，密闭棚室熏蒸一夜，然后打开棚膜放风3～5天。但生长期应慎用，以防药害。
2.福尔马林（含甲醛37%～40%的水溶液叫做福尔马林）消毒：播前2～3周，将床土耙松，按每667平方米用400毫升药剂加水20～40公斤（视土壤湿度而定）或其150倍液浇于床土，用薄膜覆盖4～5天，然后耙松床土，两星期后待药液充分挥发后播种。在定植或育苗前对棚室进行消毒，300毫升福尔马林兑等量水、加热可熏蒸37～40立方米容积的棚室，熏蒸6小时，然后通风换气两星期。
3.高温闷棚：定植前一个月，将温室内外的残枝败叶等清理干净，集中烧掉或深埋。温室内土壤深耕后浇大水，结合浇水每667平方米温室施用速效氮肥20～30公斤，然后用地膜覆盖地面，并用旧棚膜将温室扣严，进行高温闷棚。利用太阳光高温消毒，此时土壤温度可达60～70℃，可有效地杀死土壤中的部分病菌，还可加速病残体的腐烂。
4.苗床药剂消毒：
（1）营养钵育苗。可选择连续多年未种过茄果类蔬菜的肥沃园土和充分腐熟的优质厩肥作床土原料，按土肥比2∶1的比例配制。对于立枯病、黄萎病、枯萎病、菌核病等，可外加50%多菌灵或70%甲基托布津；对于猝倒病、腐霉菌、茎基腐病、疫病等鞭毛菌亚门的病害，可加66.5%霜霉威（普力克）水剂；兼防以上病菌，可加50%乙磷铝、8%恶霉灵水剂或40%五氯硝基苯粉剂。其用量皆为每立方米床土80克，用土、肥、药充分混匀后制成的药土进行营养钵育苗。
（2）上铺下垫法。根据病害发生的种类，也可每平方米用4～5公斤细土混以上药剂10克，将土、肥、药充分混匀后制成药土，1/3撒于苗床面上，2/3播后盖在种子上面。但应注意，播后必须使苗床保持湿润，以免产生药害。
5.土壤消毒：定植或育苗前，根据病害发生的种类，每平方米可用以上药剂8～10克，与干细土拌匀后撒施，并耙入土中，消灭菌源。
降低湿度预防棚室病害：
每种病害都需有适宜的发病环境条件，在棚室管理中尽量避免出现发病的环境条件，既可防病于未然，又省下了打药的成本，避免了农药污染。湿度是多种病害发生的关键条件，棚室内防病要以降低湿度为中心。
1.浇水。播种前、定植后要浇足底水，缓苗后浇足缓苗水。尽量减少在生育期浇水，防止生长期过频的浇水降低地温、增加空气湿度。生长期如需浇水，可开沟灌小水，切忌大水漫灌。
2.覆盖无滴膜。棚室由于内外温度差异大，棚膜结露是不可避免的。普通塑料薄膜表面结露分布均匀面广，因而滴水面大，增加空气湿度严重。采用无滴膜后，表面虽然也结露，但水珠沿膜面流下，滴水面小，增
加空气湿度不严重。
3.垄作覆盖地膜。垄作覆盖地膜可保持土壤水分，减少蒸发，降低空气湿度。灌溉时用膜下灌水法也可降低空气湿度。
4.合理密植，利用大小行栽培。棚室内定植密度勿过大。在可能的条件下应尽量采用大小行栽培，以利通风透气，降低空气湿度。
5.中耕松土。浇水后及时中耕松土，可减少蒸发，保持土壤水分，减少浇水次数，降低空气湿度。
6.通风。在保证温度适宜的前提下，及时通风，排出湿气，可有效地降低棚室内的空气相对湿度。
7.浇水时间。寒冷季节浇水，应选在晴天上午进行。浇水后立即密闭棚室，提高温度。等到了中午和下午时再加大通风，排出湿气。
8.减少传播病害途径。蔬菜病害的病菌从越冬、越夏或病株中心传染到其他植株，都有一个或数个传播途径。在管理中阻断这些途径，可减轻病害的流行。以芹菜为例：菌核病、早疫病、斑枯病等病害均依靠水滴传播，在栽培中防止水滴形成即可减轻病害的流行传染;软腐病、病毒病等主要依靠农事操作、接触传播，在田间管理时，尽量避免病、健株的交叉接触，减少病害的大流行;病毒病主要依靠蚜虫传染，及时防治蚜虫可减少传染。