挥发性脂肪酸（VFA）是厌氧消化过程的重要中间产物，甲烷菌主要利用VFA形成甲烷，只有少部分甲烷由CO2和H2生成。但CO2和H2的生成也经高分子有机物形成VFA的中间过程。由此看来，形成甲烷的过程离不开VFA的形成，但是VFA厌氧反应器中的积累能反映出甲烷菌的不活跃状态或反应器操作条件的恶化，较高的VFA（例如乙酸）浓度对甲烷菌有抑制作用。因此在反应器运行中，出水VFA用作重要的控制指标。
VFA过低会使甲烷能利用的物料减少，厌氧反应器对有机物的分解程度较低；而VFA过高超过甲烷菌所能利用的数量，又会造成VFA的过度积累，进而使反应器内的pH下降，影响甲烷菌正常功能的发挥。同时甲烷菌因各种原因受到损害后，也会降低对VFA的利用率，反过来造成VFA的积累，形成恶性循环。 因此所有的厌氧反应器都应把VFA作为一个控制指标来分析化验和及时掌握
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