1、工业生产常用的细菌有：
短杆菌、枯草芽孢杆菌、梭状杆菌、醋酸杆菌等。
用于生产味精、谷氨酸、肌苷酸，淀粉酶、蛋白酶，丙酮、丁醇，乳酸、醋酸等等。
2、工业上用的酵母菌有：酒精酵母、啤酒酵母、类酵母、假丝酵母等。
分别用于酿酒、制造面包、生产脂肪酶（lipase）以及生产可食用、药用和饲料用酵母菌体蛋白等。
3、工业上常用的霉菌有：曲霉、青霉、犁头霉等 [藻状菌纲的根霉、毛霉犁头霉，子囊菌纲的红曲霉，半知菌类的曲霉、青霉等。]它们可用于生产多种酶制剂、抗生素、有机酸及甾体激素（steriod hormone）等。
4、放线菌 它的最大经济价值在于能产生多种抗生素(antibiotic) 。 从微生物中发现的抗生素，有60%以上是放线菌产生的，如链霉素、红霉素、金霉素、庆大霉素等。 常用的放线菌主要来自以下几个属：链霉菌属、小单孢菌属和诺卡菌属等。
5、担子菌 所谓担子菌（basidiomycetes）就是人们通常所说的菇类(mushroom)微生物。担子菌资源的利用正引起人们的重视，如多糖、橡胶物质和抗癌药物的开发。近几年来，日本、美国的一些科学家对香菇的抗癌作用进行了深入的研究，发现香菇中1，2 -β- 葡萄糖苷酶及两种糖类物质具有抗癌作用。
6、藻类（alga） 藻类（alga）是自然界分布极广的一类自养微生物资源，许多国家已把它用作人类保健食品和饲料，如培养螺旋藻。 国外还有人从“藻类农场”获取氢能的报道，大量培养藻类，利用其光合放氢来获取氢能。
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