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【石英联盟】
01. 就是你了 神奇宝贝！（小智、小茂登场，小智得到皮卡丘并看到凤王）
02. 在神奇宝贝中心的决斗（小霞加入，火箭队登场）
03. 终于捉到神奇宝贝了（小智收服绿毛虫并进化成铁甲蛹， 收服比比鸟）
04. 少年武士的挑战（小智的铁甲蛹进化成巴大蝴）
05. 皮卡丘要进行特训！（小刚加入，小智得到灰色徽章）
06. 很多皮皮在这里（小刚收服超音蝠）
07. 美女四人组（小智得到蓝色徽章）
08. 百战百胜的小明
09. 深山里的贵族学校
10. 猜不到有意外收获（小智收服妙蛙种子）
11. 失去主人的小火龙（小智得到小火龙）
12. 杰尼龟军团登场（小智收服杰尼龟）
13. 正辉的灯塔（小智收服大钳蟹）
14. 电击大对决（小智得到橙色徽章）
15. 超级油轮的战斗
16. 海上漂流记
17. 荒岛历险记
18. 清保高的假期
19. 巨大的神奇宝贝，都市大袭击（小霞收服墨海马）
20. 在夏天出现的鬼神奇宝贝
21. 巴大蝴再见（小智的巴大蝴离队）
22. 凯西，超能力大决斗
23. 在神奇宝贝塔收服幽灵
24. 鬼斯通对抗超能力（小智得到黄金徽章）
25. 火爆猴，别生气哦!（小智收服火爆猴）
26. 艾莉嘉和臭臭花（小智得到彩虹徽章）
27. 索利柏与神奇宝贝催眠 （小霞得到可达鸭）
28. 美容街，饲育家大决斗（小刚得六尾）
29. 格斗神奇宝贝大决斗（小智的火爆猴离队）
30. 小磁怪的电气老鼠之梦（小智收服臭臭泥）
31. 好多地鼠（武藏的阿柏蛇进化成阿柏怪，小次郎的瓦斯弹进化成双弹瓦斯）
32. 浅红道馆的忍者决斗 （小智得到粉红徽章）
33. 火焰的神奇宝贝大赛跑
34. 袋龙的摇篮曲
35. 迷你龙的传说（小智收服肯泰罗）
36. 暴风雨的单车路
37. 百变怪跟模仿少女
38. 皮卡丘的森林（原本是电脑战士3D龙）39. 伊布四兄弟
40. 醒来吧！卡比兽！
41. 神奇宝贝道馆的决斗
42. 椰蛋树军团大前进（小智的小火龙进化成火恐龙）
43. 派拉斯跟派拉斯特
44. 胖丁唱歌吧
45. 复活？化石神奇宝贝（小智的火恐龙进化成喷火龙，得到蛋）
46. 吉利蛋的病历簿
47. 卡蒂狗跟小次郎
48. 大葱鸭的鸭
49. 波克比是谁的呢（蛋孵化成波可比，小霞得到）
50. 妙蛙种子的不思议花园（小智的妙蛙种子学会阳光烈焰）
51. 激斗！神奇宝贝娃娃节（武藏收服大舌头）
52. 儿童节全员大集合
53. 警犬卡蒂狗
54. 按快门的机会是皮卡丘
55. 神奇宝贝鉴定考
56. 抚养家的秘密（亚马多、小三郎登场）
57. 燃烧吧！红莲道馆
58. 决战红莲道馆 （小智得到深红徽章）
59. 克美波美岛
60. 华蓝道馆，水中战斗（小霞把墨海马和宝石海星存在道馆）
61. 皮皮对抗胖丁
62. 常磐道馆，最后的徽章（小智得到绿色徽章）
63. 神奇宝贝马戏团的吸盘魔偶 （小智的妈妈得到吸盘魔偶）
64. 迷唇姐的圣诞节
65. 用大岩蛇露营
66. 宿敌大决斗，大木研究所
67. 当呆呆兽变成呆河马的时候
68. 踏浪皮卡丘的传说
69. 植物园的臭臭花
70. 神奇宝贝电影
71. 喵喵之歌
72. 四天王希巴登场
73. 激烈冲突 超古代神奇宝贝
74. 嘎啦嘎啦的骨头棒
75. 开火！神奇宝贝联盟开幕式
76. 神奇宝贝联盟开幕！水之场地（小智的大钳蟹归队并进化成巨钳蟹）
77. 冰之场地 火炎之战
78. 草之场地 意外的强敌
79. 劲敌登场（阿弘登场）
80. 石英运动场VS阿弘（小智止步石英大会前16强）
81. 石英联盟 最后战斗
【橘子联盟】82. 真新镇，新的出发 （小智的比比鸟进化成比雕，本集结束后离队）
83. 飞行船是不幸船
84. 南国神奇宝贝与GS球 （小刚离队）
85. 拯救乘龙 （小建加入，小智得到乘龙）
86. 橘子联盟?夏干道馆 （小智得到樱花徽章）
87. 消失的神奇宝贝之谜
88. 水晶大岩蛇
89. 粉红神奇宝贝之岛
90. 化石盔 化石的秘密
91. 跳吧！神奇宝贝豪华油轮
92. 再见可达鸭，又来哥达鸭
93. 航海的乔伊，破浪前进吧
94. 奈普鲁道馆，雪山之战 （小智得到白浪徽章）
95. 大胃王卡比兽，大恐慌（小智收服卡比兽）
96. 幽灵船跟幽灵神奇宝贝
97. 喵喵之岛
98. 飞天螳螂，战士的尊严 （小建收服飞天螳螂）
99. 南方之岛，全员大集合
100. 四天王科拿，冰之战斗
101. 尼多朗的恋爱故事
102. 大平原的小磁怪
103. 地下道的怪物
104. 柚子道馆类型格斗三比三 （小智的杰尼龟学会水炮，小智得到轮宝徽章）
105. 皮卡丘对抗喵喵
106. 喷火龙，就决定是你了！
107. 灭火大战，杰尼龟对抗卡咪龟
108. 燃烧吧！卡比兽！
109. 接棒决斗！最后的道馆！（小智得到琉璃徽章）
110. 鲤鱼王进化的秘密
111. 蚊香蝌蚪和小霞 （小霞得到蚊香蝌蚪）
112. 胜利者杯，全员大对决
113. 最后战斗，快龙登场 （小智得到橘子联盟胜利者杯）
114. 再见了乘龙 （小智的乘龙离队）
115. 顽皮蛋大爆炸
116. 真新镇，我回来了 （小刚加入，小建离队）
117. 宿敌对决，小智对抗小茂
【城都联盟】118. 若叶镇，吹起开始之风的城镇！
119. 投手的菊草叶
120. 赫拉克罗斯对抗大甲 （小智收服赫拉克罗斯）
121. 顿甲之谷
122. 咕咕跟迷惑森林
123. 美丽花的战斗之舞
124. 线球大搜索线
125. 布卢的华丽生活
126. 惊角鹿，幻影森林
127. 好胜的菊草叶 （小智收服菊草叶）
128. 沼王和GS球
129. 芭瓢虫之笛
130. 幸福蛋的快乐护士
131. 喇叭芽之塔大危机
132. 桔梗道馆，空中大战 （小智得到飞翼徽章）
133. 爱哭鬼玛力露
134. 暴走，尾立和波克比
135. 再见了喷火龙，直到下一次重逢！（小智的喷火龙离队）
136. 向日花怪会场大恐慌
137. 菊草叶不高兴了
138. 毽子草飞跑了！大草原之战！
139. 神秘超级英雄，天蝎人登场
140. 咩利羊和牧场的少女
141. 巨钳螳螂对抗赫拉克罗斯
142. 收服火球鼠（小智收服火球鼠）
143. 桧皮镇的呆呆兽之井
144. 榛果球与圆柑果实，后山之战！（小刚收服榛果球）
145. 桧皮道馆，森林的战斗场地 （小智得到昆虫徽章）
146. 桐森林，寻找大葱鸭
147. 果然翁与神奇宝贝交换会（武藏的大舌头交换到果然翁，小智的肯泰罗归队，赫拉克罗斯离队）
148. 杰尼龟队燃烧斗志！像火一样（小智的杰尼龟、肯泰罗离队）
149. 好多乌波
150. 胖丁对抗布卢
151. 黑暗神奇宝贝，戴鲁比
152. 小锯鳄是谁的？小智对抗小霞 （小智收服小锯鳄，小霞的蚊香蝌蚪进化成蚊香蛙）
153. 对抗盔甲鸟，钢翼
154. 小锯鳄，跳出爱的舞步
155. 抓到漂亮的猫头夜鹰 （小智收服猫头夜鹰）
156. 圈圈熊吓死人
157. 麒麟奇，超能力神奇宝贝之村
158. 神奇宝贝占卜大混战
159. 满金道馆，速度与力量
160. 大奶罐，复仇之战 （小智得到正式徽章）
161. 收讯塔的战斗，超越时空
162. 捕虫大会在自然公园收服他！
163. 胡说树在哪里？
164. 古代神奇宝贝公园 阿露福遗迹
165. 波波屋的传信波波
166. 超音蝠之馆 危险的迷宫 （小刚的超音蝠进化大嘴蝠）
167. 柯波朗对抗妙蛙种子 格斗大对决
168. 丛林的三只 温泉战斗
169. 金鱼王，钓鱼战斗
170. 再见了六尾，神奇宝贝选美大赛 （小刚的六尾离队）
171. 壶壶对抗喇叭芽
172. 月精灵 黑夜里的战斗
173. 安飘虫 超越风之谷
174. 果然翁之村
175. 百变怪大师，与伊美蒂重逢
176. 喵喵跟布卢跟布卢皇
177. 阿利多斯，忍术战斗
178. 展翅吧，阳阳玛，飞向明天的天空！
179. 皮卡丘与皮丘
180. 毽子花，草系神奇宝贝的战斗
181. 黑鲁加跟波克比
182. 烧焦塔，小松登场
183. 圆朱道馆，鬼斯战斗 （小智得到魅影徽章）
184. 伊布五姐妹，茶会大战斗
185. 黑暗鸦，被夺走的徽章
186. 铁炮鱼的天空
187. 熊宝宝的秘密
188. 冻僵的向日种子之迷
189. 挖这里，小山猪，寻找温泉
190. 急冻鸟VS胖丁，暴风雪之中
191. 风速狗与火之石
192. 土龙弟弟全都没了
193. 果然翁遇难了
194. 小刚病倒了，危险的露营
195. 大力鳄抵抗水箭龟相扑大战斗 （小智的猫头夜鹰本集离队后归队，卡比兽本集归队后离队）
196. 与神奇宝贝讲话 神奇宝贝的语言 神奇宝贝的心情
197. 大嘴蝠对假面女王武藏 遗迹之战 （小刚的大嘴蝠进化成叉字蝠）
198. 图图犬的遗迹 旭日中的光辉
199. 尼多力诺和尼多娜，小刚的玫瑰生活
200. 再见了菊草叶，电气的迷宫（小智的菊草叶进化成月桂叶）
201. 月桂叶到哪里去了？在药草园抓住它！（小智的月桂叶学会泰山压顶）
202. 天然雀的占卜 预测未来的神秘
203. 神奇宝贝气球大赛 越过暴风雨
204. 迷唇娃迷死人 超级巨星喜欢神奇宝贝
205. 踏浪追踪铁甲暴龙！湖之战！
206. 变隐龙在哪里？看不见的神奇宝贝，大混乱
207. 讨厌水系神奇宝贝的乔伊小姐，小霞的愤怒
208. 圣母大奶罐，沙漠的秘密
209. 光辉灯塔！浅葱市的战斗
210. 湛蓝道馆，正面决斗，格斗大对决 （小智得到打击徽章）
211. 漩涡列岛，新的挑战！
212. 波波与大波波，飞向未曾见过的天空！
213. 向大海出发吧，灯笼鱼大游行
214. 太阳珊瑚好朋友！黄岩岛的对决（小霞收服太阳珊瑚）
215. 巨翅飞鱼跟沉船，神秘神奇宝贝的秘密
216. 章鱼桶跟铁炮鱼！漩涡列岛大赛预赛！
217 .漩涡列岛大赛，在水的运动场大战斗！
218. 小智对抗小霞，漩涡列岛大赛最后的战斗！
219. 保护地鼠的村子，陷阱大作战
220. 银色之翼的传说，银岩岛的战斗！
221. 神秘的神奇宝贝！X ！
222. 被抓走的洛奇亚！
223. 与洛奇亚的约定
224. 飞吧咕咕号！以浅葱市为目标！
225. 浅葱市VS大钢蛇 （小智得到钢铁徽章）
226. 再见妙蛙种子！大木家后院大冒险！ （小智的妙蛙种子离队）
227. 太阳精灵与樱花！再次回到圆朱市！
228. 水君与米那基！凤王的传说！
229. 在神奇宝贝劲速赛中向前冲！（小智得到蛋）
230. 名侦探君莎，蛋不见了，大解谜
231. 蛋要孵化了（小智的蛋孵化成小小象）
232. 火箭队跟信使鸟
233. 雾中的九尾
234. 巴尔郎与空手道王信彦
235. 天然鸟的大预言
236. 渡与红色暴鲤龙
237. 红色暴鲤龙的愤怒
238. 长毛猪与冬天的柳伯
239. 卡吉道馆，冰之对战 （小智得到冰之徽章）
240. 美丽花VS霸王花！草原的和平
241. 熔岩蜗牛，用火热的心来收服！
242. 神奇宝贝魔法大变身
243. 闪电鸟跟水晶，湖的秘密
244. 双胞胎的宝宝丁对抗胖丁
245. 呆呆兽之悟，小智之悟
246. 真假大木博士，神奇宝贝川柳对决！
247. 皮宝宝跟皮皮跟流星
248. 蚊香蛙的进化（小霞的蚊香蛙进化成牛蛙君）
249. 竞技公园VS水箭龟、喷火龙、妙蛙花
250. 牛蛙君跟拉拉队
251. 冰之洞穴
252. 小桩与迷你龙
253. 烟墨道馆的龙之牙
254. 快龙！逆鳞激活 ！（小智的喷火龙归队）
255. 烟墨道馆！最后的徽章 （卡比兽归队，喷火龙离队，小智得到升龙徽章）
256. 道馆徽章与小果然翁
257. 龙宫道馆，水中之战
258. 乘龙之歌 （小智与乘龙重逢，并被托付一颗蛋）
259. 保护神秘蛋！在暴风雨中诞生新生命 （蛋孵化成由基拉）
260. 炎帝与温泉的伙伴 （小刚的榛果球进化成佛烈托斯）
261. 河马王，王者的信物！
262. 奈奈与电击怪（小次郎的大食花交换到口呆花，口呆花进化成大食花，大食花离队）
263. 加油吧！由基拉
264. 不可思议的未知图腾
265. 班吉拉与由基拉（由基拉离队）
266. 狃拉与圣火
267. 白银山大会！与小茂再度重逢！
268. 联盟预赛！火岩鼠 火焰战斗！（小智的杰尼龟归队）
269. 大菊花VS妙蛙种子 草系神奇宝贝的尊严 （小智的妙蛙种子归队）
270. 决胜淘汰赛全体战斗6VS6（小智的喷火龙归队）
271. 劲敌对决！水箭龟VS喷火龙！
272. 遭遇火焰鸡！与叶越的对决！
273. 全力战斗的成果！分别的道路！（小智止步白银大会8强）
274. 再见了，接下来的旅途 （小刚，小霞离队，小智的除皮卡丘以外的神奇宝贝都寄放在大木研究所）
275. 和皮卡丘的分离
【丰缘联盟】AG01.新的大地！新的冒险！（小遥加入，并得到新人用火稚鸡）
AG02.古代神奇宝贝与神秘军团！
AG03.橙华道馆对抗过动猿！（小胜加入）
AG04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队）
AG05.蛇纹熊与短裤少年！小遥的第一场战斗！
AG06.火箭队！疯狂乱抓，再见了！（武藏的阿柏怪、小次郎的双弹瓦斯离队，小次郎得到沙漠奈亚）
AG07.木守宫的森林！保护大树！ （小智收服木守宫）
AG08.饭匙蛇对抗木守宫！必杀的拍击攻击！（武藏收服饭匙蛇）
AG09.怪奇！蘑蘑菇大宅之谜？
AG10.史上最强的大嘴鸥？！
AG11.大狼犬与土狼犬，进化的神秘
AG12.莲叶童子与花店三姊妹 （小刚获得莲叶童子）
AG13.神奇宝贝华丽大赛！狩猎凤蝶的华丽战斗！
AG14.双打比赛，捕捉刺尾虫 （小遥和武藏各收服一只刺尾虫）
AG15.用功 神奇宝贝训练家培育学园！
AG16.卡那兹道馆！朝北鼻的秘密武器！ （皮卡丘学会钢铁尾巴，小智得到岩石徽章）
AG17.得文制造有限公司！水舰队之影！
AG18.哈奇老人与长翅鸥小皮！
AG19.逃离巨牙鲨之岛！
AG20.武斗道馆！冲浪的道馆训练家藤树登场
AG21.刺尾虫对刺尾虫！到底是哪一只?
AG22.大吾！可可多拉和波士可多拉
AG23.海边的捣蛋鬼——龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵）
AG24.奔跑吧小智！越过利牙鱼之河！ （小遥的刺尾虫进化成甲壳蛹，武藏的刺尾虫进化成盾甲茧）
AG25.秘密之池！好多水跃鱼 （小刚收服水跃鱼）
AG26.长鼻叶族的袭击
AG27.火岩队对抗水舰队，秘密基地的战斗！
AG28.狩猎凤蝶与毒粉蝶！进化之后！ （小遥的甲壳蛹进化成狩猎凤蝶，武藏的盾甲茧进化成毒粉蝶）
AG29.勾魂眼的惊奇
AG30.格斗少女与玛沙那！暴风雨之中！
AG31.武斗道馆再战！乘浪的战斗场地！ （小智得到拳击徽章）
AG32.废弃之船！悄悄靠近的影子
AG33.小遥的劲敌！特训！神奇宝贝华丽大赛！
AG34.最初拿到的神奇宝贝，大混乱 ！
AG35.小遥！初次挑战神奇宝贝华丽大赛！
AG36.保护海之博物馆，火岩队的袭击！
AG37.美女与野兽?狡猾天狗和乔伊小姐
AG38.正电拍拍和负电拍拍！山上的灯塔！
AG39.唱歌吧！机械屋！
AG40.紫堇道馆！铁千的电击战斗！（小智得到电力徽章）
AG41.木守宫的新绝招！西瓜园的种子机枪（小智的木守宫学会种子机关枪）
AG42.电萤虫与甜甜莹！爱的舞蹈！
AG43.飞吧，宝贝龙！朝向明天！
AG44.小霞登场！波克比和梦幻王国！（小霞归队）
AG45.海市蜃楼的那边 波克比的乐园！（小霞的波克比进化成波克基古；波克基古离开小霞；小霞离队）
AG46.胜利家庭！4对4！
AG47.向尾喵和散播芳香 （小遥收服向尾喵）
AG48.猫鼬斩VS饭匙蛇！ 劲敌对决
AG49.小胜VS小胜！守护溜溜糖球！
AG50.神奇宝贝华丽大赛 秋叶大会！
AG51.VS恰雷姆，华丽大赛的战斗 （小遥得到缎带）
AG52.正电拍拍和负电拍拍，修行之道
AG53.向尾喵和“有样学样”的呆火驼牧场
AG54.再次遇见火岩队&水箭队！烟囱山作战！
AG55.新人道馆训练家——亚莎 全是洞的战斗场地
AG56.热血徽章！用燃烧的战斗得到它！（小智得到烈焰徽章）
AG57.好多晃晃斑！找寻山另外一边的幸福
AG58.闯越钢之谷！煤炭龟VS大钢蛇 （小智收服煤炭龟）
AG59.紫堇道馆再度VS 雷电兽！
AG60.向尾喵与优雅猫！传说的协调家登场！（小遥的向尾喵学会暴风雪）
AG61.蒙面的出场者?魅影登场！
AG62.绿茵镇 神奇宝贝华丽大赛！（小遥得到缎带）
AG63.太阳岩和莲帽小童！神圣森林的传说！（小刚的莲叶童子进化成莲帽小童）
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