根据使用场合的不同，医药用水又分为医用纯化水和医用超纯水。 医药纯化水是将原水经蒸馏法、离子交换法、反渗透法或其他适宜的方法值得的制药用水，不含任何附加剂，可作为配制普通药物制剂的溶剂或试验用水。在片剂、胶囊、口服液和外用药剂的生产中，凡与药品接触的设备、容器、内包装和工具，均需用纯化水清洗。电导率是纯化水的重要指标，《中国药典》（2005版）中对纯化水的电导率有明确要求即小于等于2μs/cm。
注射用水一般用纯化水通过蒸馏法制得，化学纯度高达99.999%，无热源。一般工艺流程：● 原水－原水加压泵－多介质过滤器－活性炭过滤器－软水器－精密过滤器－一级反渗透 设备－中间水箱－中间水泵－离子交换器－纯化水箱－纯水泵－紫外线杀菌器－微孔过滤器－用水点 (2000版中国药典传统工艺) ● 原水－原水加压泵－多介质过滤器－活性炭过滤器－软水器－精密过滤器－第一级反渗透 －PH调节－中间水箱－第二级反渗透（反渗透膜表面带正电荷）－纯化水箱－纯水泵－紫外线杀菌器－ 微孔过滤器－巴氏消毒—用水点 (2005版中国药典目前流行工艺)● 原水－原水加压泵－多介质过滤器－活性炭过滤器－软水器－精密过滤器－一级反渗透机－脱气膜-------中间水箱－中间水泵－EDI系统－纯化水箱－纯水泵－紫外线杀菌器－微孔过滤器－巴氏消毒－用水点 (2005版中国药典新工艺 )● 原水－原水加压泵－多介质过滤器－活性炭过滤器－软水器－精密过滤器－第一级反渗透 －PH调节－中间水箱－第二级反渗透（反渗透膜表面带正电荷）---RO水箱－RO水泵－—TOC分解器----EDI系统－－纯化水箱－纯水泵－紫外线杀菌器－ 微孔过滤器－巴氏消毒－用水点 (中国药典注射用水、欧盟和美国药典推荐工艺)（以上流程根据用户要求和水源特征进行调整，仅供参考）设备特点： 利用膜工艺生产纯化水，不仅可以确保处理后的水完全达到药典规定的纯化水标准，而且对原水水质变化的适应能力强，避免了传统方法可能造成的环境污染，并能有效地降低水处理成本。 医用超纯水对水质的要求更加严格，电阻率要求≥15MΩ.CM。为保证医药用高纯水的用水安全，超纯水处理设备整个系统全都采用不锈钢材质。常用工艺流程：● 预处理系统-反渗透系统-粗混合床-精混合床-紫外线杀菌器-精密过滤器-用水对象 (≥15MΩ.CM)(传统工艺)● 预处理-反渗透-EDI装置-紫外线杀菌器-精密过滤器-用水对象(≥15MΩ.CM)(新工艺)优缺点比较：● 第一种采用离子交换树脂其优点在于初投资少，占用的地方少，但缺点就是需要经常进行离子再生，耗费大量酸碱，而且对环境有一定的破坏。● 第二种采用反渗透作预处理再配上EDI装置，这是目前制取超纯水最经济，最环保用来制取超纯水的工艺，不需要用酸碱进行再生便可连续制取超纯水，对环境没什么破坏性。其缺点在于初投资相对以上两种方式过于昂贵。
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