《建议》提出，实施工业污染源全面达标排放计划。资料显示，工业生产是主要污染源，二氧化硫排放量占88.1%，氮氧化物占67.6%，特别是工业排放的有毒有害物质，对人体健康的损害更大。
陈吉宁解释，工业污染源达标排放，既是法律的基本要求，也是企业环境责任的底线要求，可以内化企业环境行为的外部性，为公平竞争营造良好的市场环境。据估算，如果现有工业污染源均能够做到稳定达标排放，主要污染物排放量可以再减少40%左右。严格执行环境影响评价和“三同时”制度，确保新污染源排放达标。对现有污染源，综合采取清洁生产改造和污染深度治理、限产限排、停业关闭等措施，确保达标排放。
《建议》提出，实现城镇生活污水垃圾处理设施全覆盖和稳定运行。陈吉宁介绍，到2020年，全国所有县城和重点镇具备污水收集处理能力，地级及以上城市建成区污水基本实现全收集、全处理，县城、城市污水处理率分别达到85%、95%。加快城镇生活垃圾无害化处理设施建设，破解一些城市面临的“垃圾围城”困境。
同样值得关注的是，《建议》提出，坚持城乡环境治理并重。据第一次全国污染源普查，农业源在化学需氧量、总氮、总磷排放量中所占比例，分别达到43.7%、57.1%和67.3%。
陈吉宁表示，要严格控制农业用水总量，实施化肥、农药零增长行动，支持规模化畜禽养殖场开展标准化改造和建设，深入开展秸秆资源化利用。加快农村环境综合整治，到2020年新增完成环境综合整治的建制村13万个。
此外，陈吉宁指出，“要将基层环保机构监测监察执法的管理职能统一到省级环保部门，独立进行监管执法和环境监测。结合加强联防联控和流域共治，探索建立跨地区的环保机构，实行统一规划、统一标准、统一监测、统一治理。”
推行合同能源和合同节水管理
国土部部长姜大明在《辅导读本》中发表的《全面节约和高效利用资源》署名文章中指出，《建议》提出要强化约束性指标管理，实行能源和水资源消耗、建设用地等总量和强度双控行动。这是资源宏观管理方式的创新，也是资源节约和高效利用的硬措施。
水利部部长陈雷在《辅导读本》中发表的《实行最严格的水资源管理制度》署名文章中指出，实行水资源消耗总量和强度双控行动，强化水资源管理“三条红线”刚性约束，将主要采取三方面措施。
首先，严控用水总量。加快推进江河水量分配，把相关控制指标落实到相应河段、湖泊、水库和地下水源，到2020年，全国年用水总量控制在6700亿立方米以内。建立水资源承载能力监测预警机制，切实把水资源承载能力作为区域发展、城市建设和产业布局的重要条件，对超出红线指标的地区实行区域限批。
