需要注意的是，“未批先建”行为实施和持续的时间成为处理这类案件的关键。因此，环境执法一定要细化调查，通过相应证据固定违法行为发生、持续、结束的具体时间，确保处罚过程中法律的准确适用。
■ 本案涉及的三个法律问题分析
1 、企业违法行为是否符合分别处罚的条件？
2016年1月8日，环境保护部曾就新环保法第六十一条适用问题复函（环政法函〔2016〕6号）湖北省环保厅时表示，对2015年1月1日前已经擅自开工建设，并于2015年1月1日之后仍然进行建设的，不再适用原环评法第三十一条“限期补办手续”的规定，而应当根据第六十一条的规定处罚；对已经建成投产或者使用的前述类型的违法建设项目，应当按照全国人大常委会法制工作委员会《关于建设项目环境管理有关法律适用问题的答复意见》（法工委复〔2007〕2号）确定的法律适用原则，分别作出相应的处罚。
不过，对2015年1月1日前已经擅自开工建设并建成投产或者使用的建设项目如何处罚，此复函没有明确提及。
南通部分执法人员认为，由于新环保法已经取消了“未批先建”行为“限期补办手续”的程序，因此，应一律按照复函规定处罚。
这种理解，看似符合环境保护从严治理的要求，却不尽合理。结合复函可知，环境保护部以新环保法生效为时间节点，对生效前发生并持续到新法生效的行为进行了明确规定。换言之，在2015年1月1日前擅自建设并已建成投产的行为，应当是与复函处理有差别的，否则复函中时间节点的区分就没有意义。
本案中，企业未经环评审批擅自建设的时间发生在2006年，并且当年就完成了建设行为，并投入生产。因此，本案企业的违法行为并不符合环政法函〔2016〕6号确定的直接适用法工委复〔2007〕2号复函分别处罚的条件，不应当依据复函直接处罚。
2 、“未经环评”是否适用两年的处罚时效？
在无法直接引用环境保护部复函进行处罚的情况下，本案办理的焦点集中在“未经环评审批擅自建设”是否适用两年的行政处罚时效。
根据行政处罚法第二十九条的规定，回答上述问题，关键在于认清企业违法行为是否有连续或者继续状态。对该问题的认定，环境保护部（原国家环保总局）曾先后多次以复函形式作出不同说明。
1999年1月23日，国家环保总局复函原广东省环保局（环发〔1999〕23号）。认为“未经环评审批擅自建设”行为在依法履行环评义务之前都处于非法状态，不适用两年的行政处罚时效。但该复函没有对该违法行为的状态作出明确界定，只是笼统地应被视为“连续或者继续状态”。
2003年11月4日，黑龙江法制办向国务院法制办递交《关于〈建设项目环境保护管理条例〉第二十八条适用问题的请示》（黑政法发〔2003〕63号）。收到请示后，国务院法制办将此文件转交至国家环保总局。
2003年12月30日，国家环保总局作出《关于建设项目未经环评文件审批和环保设施验收法律适用问题的复函》（环办函〔2003〕694号）。
在这份复函中，国家环保总局对未经环评审批擅自建设的行为状态有了较清晰的界定，即违法行为始于未经环评审批“擅自开工建设”，终结于“建设行为完成”，在此期间违法行为属于“连续状态”。违法行为的行政处罚时效应从“建设行为完成”时起算，计算两年。
