汉能薄膜与母公司的关联交易久遭诟病，并被认为是港监会介入调查的原因之一。去年初，英国《金融时报》指出，汉能薄膜与其母公司汉能控股集团之间存在“异常密切的商业联系”，自2010年以来，汉能薄膜几乎全部148亿元营收都来自向母公司销售设备；汉能薄膜2013年年报显示，这些合同中只有35%已经结算，剩余的都被列为应收账款。
去年以来，汉能薄膜开始主动斩断关联交易。2015年年报显示，汉能薄膜与母公司的关联交易同比减少96%，下跌至低于2亿港元。同期，汉能薄膜录得净亏损122.33亿港元（约合105.16亿元人民币）。这是汉能薄膜自2011年借壳上市以来的首次年度亏损，亏损额是前四年盈利总和的近两倍。
2011-2014年，该公司净利润分别为7.2亿港元、13.2亿港元、20.2亿港元、33.1亿港元，一路呈直线飙升态势，关联交易始终居高不下。
除关联交易外，汉能薄膜将引发巨额亏损的首要原因归结为股票持续停牌，认为这对其声誉带来了“严重的负面影响”。商誉减值在亏损额中占比超过60%。此外，部分现有及潜在客户、业务伙伴和供应商等，已计划减少、暂停或延迟与汉能薄膜的合作。
今年上半年，汉能薄膜实现净利润8.21亿港元。非关联销售（即第三方销售）收入占上半年总收入的86%。
在今年9月29日汉能控股集团22周年司庆上，李河君将汉能薄膜的业绩逆转归结于两个“支撑点”，即上游的装备产线制造，和下游的产品销售网络。
“去年下半年以来，汉能做了重大调整，把户用系统作为‘蓝海市场’去开拓，到去年年底就下单7100套，而到今年6月底下单及发货已经超过两万套。”李河君认为汉能已经“找对了自己的市场”。
最近一年，汉能薄膜的经销商数量达到1300家。其预计，到今年底，区县级销售网络将实现75%的覆盖率，高于国内同行。
操纵股价是市场对汉能薄膜的另一大质疑。不过，自去年5月介入调查以来，港监会并未对此公开发表过相关调查结果。
