大型设备闲置
环境监测站中很大一部分大型仪器以及成为标准的配置，各部门也加大了这方面的投入，给予了高度的重视，但是监测部门对设备的使用程度还不够高，基本上只是为了完成考核指标而对设备进行购置，使监测工作也不够完善，不能为相关部门提供有效的决策依据，有的设备购置后，并没有经常性的使用，造成了设备闲置的状况。
监测工作资金投入不足
由于经费欠缺，不能够满足环境监测工作的费用，以至于环境监测工作面临着巨大的资金压力，很大程度上影响了环境检测的质量和水平。只有足够的资金支持，才能够应对大量的监测工作，提高监测能力，促进设备的健康运行，才有足够的实力去完成减排监测，土壤调查等多方面的环境监测工作。
环境监测部门的行政性强
环境监测是一种政府行为，在监测机构的设置和管理上都有行政的影子。有的地方的环保局为了政绩着想，采用行政手段影响干预环境监测数据。在如今城市环境与经济发展与行政政绩息息相关的情况下，这种情况已经越来越多。
加强基层环境监测管理的建议
完善环境监测管理体系
环境监测管理工作需要多部门的协同合作，只有完善环境监测管理体系，才能保证各部门之间的有效合作。首先，要加强环境监测站建设，将环境监测站建设作为政府惠民建设的重要目标，督促相关部门开展环境监测站建设工作，并将环境监测标准化进程作为考察政府环保目标的重要部分，确保能及时开展环境检测工作，提升环境监测站的综合工作能力；其次，各部门要建立起完善的环境监测目标，分阶段开展环境监测管理工作，确保各部门能有足够的工作精力完成环境监测管理配合工作；最后，加强监测监督工作，保证整个环境监测管理工作能保质保量的进行。
加强环境监测人员培养工作
环境监测工作作为一项现代化特征较明显的工作，对相关工作人员的技术能力、工作意识都提出了很高的要求，要把加强环境监测人员培养工作作为开展环境监测活动的重中之重。在培养环境监测管理人才中，首先要加强管理意识培养工作，针对基层工作人员普遍存在管理意识不足的情况，要将管理意识培养工作作为整个培养人才工作的基础。在进行管理意识培养中，首先让工作人员明确环境监测工作的重要性，通过播放环境恶化短片等方式，加深相关人员对环境监测管理工作重要性的认识。其次，加强各地区之间的人员交流。通过各地区人员之间的交流，及时分享各地区环境监测管理经验，方便各个地区开展环境监测管理工作。
提高环境监测质量技术手段
随着社会的进步和信息时代的发展，目前信息化、网络化、自动化的先进技术手段已经逐步取代传统的环境监测质量管理方式，先进的仪器设备是实现环境监测数据准确、使用高科技信息技术手段对环境进行检测，有利于提高环境监测数据的科学性和可靠性，综合考虑各种因素，选择科学合适的监测仪器，也减少了传统环境监测的重复繁冗的工作程序，从而提高了环境监测管理工作的质量。
环境监测管理水平关系着环境建设质量。在现代化建设中，要充分认识到现阶段环境监测中的种种不足，降低环境问题对我国现代化建设的影响，保障人们的生活水平。人们自身也要加强环境意识培养，保护环境，降低环境监测管理的难度。
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