对于这二者，BEV依靠电池里储存的电能驱动，而FCEV则靠氢气和氧气发生化学反应转换成电能驱动。所以它俩本质的区别是BEV储存电能，需要高能量密度的汽车电池，而FCEV制造电能，需要大容量的燃料氢气（通过储氢罐）。两种技术从排放来说比传统汽车都有很大的进步，FCEV最后的排放是水，BEV则没有排放，算是打了个平手。下面主要从技术方面看看他俩的优劣。
从续航上讲，FCEV的续航里程一般都是400公里以上，和传统的燃油车非常接近。而对BEV来说，更长的续航里程意味着更重更贵的锂电池包。目前BEV里头只有Tesla Model S的续航里程超过了400公里，但代价是重达1吨、贵到20万人民币的电池包。再加上深度放电会影响锂电池寿命，也就是不能像传统汽车那样将油用干再加满，所以实际续航里程比宣称的还要低不少。虽然FCEV的价格目前更高，但从前景来说，同样续航里程的情况下，FCEV的成本会低于BEV。
再从燃料/电能补充上讲，FCEV的加氢是物理过程，3分钟左右便可加满。BEV的电池充电是电解反应，充电的时候需要控制否则会有副反应发生，目前快充是半个小时充满80%，在将来很长一段时间内比较难提高充电速度。快速换电池的解决方案受制于电池质量、所有权、电池型号等问题，可能对于公交车有更多帮助，对私家乘用车来说，前景比较渺茫。
FCEV相对于BEV有一个优势，就是其无需担心亏电问题。化学反应需要氧化剂、还原剂（俗称燃料）和反应场所。锂电池里头的氧化剂、还原剂（分别是正负极）存放距离非常近，只有10？m多，即使不工作也会有自放电的电能损耗。而FCEV的反应场所和燃料可以物理隔离，和传统汽油车类似，不启动基本不会影响续航里程。
然而另一方面，FCEV的催化剂很贵，以燃料电池PEMFC为例，催化剂通常含有Pt，也就是铂（俗名白金）。比黄金还贵的贵金属，用来做催化剂实在是太肉疼了。更要命的是，这种贵重的催化剂，还会出现损耗。铂在气态硫氮氧化物（如一氧化碳，二氧化硫等）浓度以ppm为单位存在的情况下有严重的中毒情况，浓度高于百ppm中毒不可逆。我国目前的这种雾霾环境，意味着催化剂会不断的被损耗。而PEMFC的催化剂载体碳，在放电状态下很容易氧化造成结构坍塌，致使Pt的催化面积迅速减小并流失。
制约FCEV发展的还有加氢站基础建设。虽然目前服务BEV的充电桩发展也比较慢，没有很好的商业模式吸引资本，更多的是依靠政府推动的公用充电站以及各家车厂或4S店建立为自家车主服务的充电站。但同需要服务FCEV的加氢站相比，充电桩占地小，投资少，时间短，改造线路便可投入使用。而加氢站则需要重新规划，占地大，投资多，时间长。所以加氢站在很长一段时间内没法到位，通过建设加氢站刺激FCEV的销量目前来看非常不可行。
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