获取完整的违法排污证据链是个技术性强、挑战大的复杂过程，需要环保部门多个内设机构明确分工、密切配合。
随着生态文明建设向纵深推进，环保部门必然要加大对违法排污行为的查处力度，因而不可避免地会遭遇更多的矛盾冲突。作为法律上的两个相对方，有关排污企事业单位的维权意识日益增强，如果环保部门不能同步提高执法能力，就有可能失去主动，不能正确运用法律打击环境违法行为。
获取完整的违法排污证据链是个技术性强、挑战大的复杂过程，需要环保部门多个内设机构明确分工、密切配合。一般情况下，信息、信访等机构获得排污线索，监察执法机构现场排查取证，监测机构完成样品分析任务，法制等机构综合会商，并形成处罚文书。由此可见，查处环境违法行为，考验的是环保部门协调、联动的能力，体现的是环保部门的整体社会形象。因此，必须确保环保部门提供的证据经受得起质疑。
总体来看，环保事业正处于艰难的爬坡阶段，需要吸收各种正能量来鼓舞士气。然而，单兵突进遭遇损失的情形也不是个例。而且现在信息发达，负面作用被舆论放大后，会带来一定的负面效应。对此，环保部门要深刻反思，凡是有针对性的监察执法，都要周密计划，制定严谨的工作方案。内设机构要各司其职、高效联动，确保不合格的数据或结论不报出。倘若出手，那就做成铁案。
当前，相关企事业单位的环境意识、维权意识日益增强。一方面，企事业单位加大了自身污染物排放的治理力度;另一方面，他们对于环保部门监管的合理性、合法性也在进行考量和评判。因此，环保部门要想把握主动权，必须苦练内功，对于环境违法行为必须抓准、抓实，才能不断树立权威形象。