不过，由于生物柴油提纯工艺较为复杂，加上原材料来源供应渠道不畅等问题，生物柴油在我国产业化程度不高。目前国内生物柴油生产规模较大的公司主要包括海南正和生物能源公司、四川古杉油脂化工公司和福建卓越新能源发展公司等而目前尚没有具有可操作性的生物柴油国家标准、上游原料短缺等不利因素，导致生物燃料应用范围较小，但长远发展来看，生物柴油具有广阔的发展潜力，主要从事甲醇及下游产品生产的远兴能源可能从未来生物柴油规模化生产中受益较大。
我国生物柴油的生产仍是以小规模装置、小作坊式的企业进行，全国生物柴油的产能约为每年250万吨，距我国的柴油消耗量1亿多吨仍微不足道。统计数据显示，目前我国生物柴油生产企业有30家左右，规划能力近300万吨/年，现有生产能力150万吨/年，但年实际产量却只有30至40吨左右，开工率不足30%，行业发展几近冰点。
原料缺乏一方面是技术所限，将生物原料转化为柴油的规模有限。采用植物油与甲醇或乙醇在酸或碱性催化剂和130-150度下进行酯化反应，生成相应的脂肪酸甲酯或乙酯生物柴油也有较大的潜力可挖。在生物质一代燃料走出“与民争粮，与粮争地”的困境之后，全世界范围内的第二代生物质燃料技术研发及产业化发展渐入佳境，“十二五”期间可望取得突破性进展。
国内对于二代生物燃料利用的途径也向多元化方向发展。第二代生物燃料技术是指以麦秆、稻草和木屑等农林废弃物或藻类、纸浆废液为主要原料，使用纤维素酶或其他发酵手段将其转化为生物乙醇或生物柴油的模式。而第一代燃料的生产主要来自于玉米、水稻、甘蔗、大豆等粮食作物。
据了解，原料投入一般占生物质发电项目总投入成本的70%以上，但国内生物质原料市场近几年却成长缓慢。目前，我国利用薯类、甜高粱、小桐子等非粮作物/植物生产燃料乙醇和生物柴油的技术已进入示范阶段。国家发改委能源研究所近期完成的“中国可再生能源规模化发展研究”报告显示，我国以非食用粮糖类农作物为原料的燃料乙醇生产潜力近中期约为1,500万吨，以废油为原料的生物柴油生产潜力近中期约为200万吨，以油料林为原料的生物柴油生产潜力在中长期约为数百万吨，以纤维素和藻类生物质为原料的先进生物燃料生产潜力在长期可达每年数千万吨。
