生物燃料是否“碳中性”？即在生产及使用过程中达到二氧化碳排放平衡。如果考虑不同来源的生物燃料在排放上的不同，以及生产或产生物燃料的原料时产生的二氧化碳排放，如肥料和农药，以及土地利用变化等因素，不同原料的生物燃料到底能否减少碳排放？对此，欧盟相关机构披露的研究结果如下图所示（单位：克二氧化碳排放/兆焦耳能源）
油砂油：107克/兆焦耳
棕榈油：105克/兆焦耳
大豆：103克/兆焦耳
菜籽油：95克/兆焦耳
原油：87.5克/兆焦耳
向日葵：86克/兆焦耳
棕榈油（甲烷回收）：64克/兆焦耳
小麦（经过处理用作热电联产燃料）：47克/兆焦耳
玉米：43克/兆焦耳
甘蔗：36克/兆焦耳
小麦秸秆（经过处理作为热电联产燃料）：35克/兆焦耳
第二代生物乙醇（占用土地）：32克/兆焦耳
第二代生物柴油（占用土地）：21克/兆焦耳
第二代生物乙醇（不占用土地）：9克/兆焦耳
第二代生物柴油（不占用土地）：9克/兆焦耳
由上表可见，棕榈油、大豆、菜籽油、向日葵等为原料制作生物燃料的碳排放超过或接近石油，玉米、甘蔗等常用的生物乙醇燃料排放大约是石油的50%，而不使用粮食为原料的第二代生物燃料减排效果更为明显。
