随着生态补偿实践不断推进，生态补偿所需的资金也大幅增加，在此背景下，资金来源必将呈现多样化的趋势。
现实地看，筹集生态补偿资金不能简单地依靠政府税收，应该建立多元化的资金来源渠道，这样才能为做好生态补偿提供有力的资金支持。
一是推行绿色贷款。对信贷资金利用进行清晰合理的规划，适当引导银行资金投向生态环境保护与建设领域和生态补偿项目；可考虑发行政府债券，把社会上闲置的资金集中起来，有效弥补资金缺口；搭建相关信息平台，扩大金融开放，创造良好条件，用好国际对相关工程项目的扶持。
二是完善生态环境治理备用金制度。生态环境治理备用金可以被认为是一种补偿金，它是采矿权人为采矿而对破坏生态环境的活动所支付的补偿费用，主要用于治理、恢复生态环境或是补偿给原来享有破坏前生态环境的公众和政府。备用金的缴纳金额要与其破坏行为对等，破坏越严重，对周边村民或公众的影响越大，缴纳的备用金就越多。这一制度亦应随着生态补偿实践的发展不断完善。
三是引入生态保险。可以建立与生态补偿相关的生态保险体系，在处置破坏生态环境事件中引入生态保险，降低参保人的风险，保护参保人的利益。
还要看到，在生态补偿过程中，一味强调资金的投入规模是不科学的，还应该重视资金的使用效率。政府应该加强对生态补偿资金的管理，监督补偿资金的落实和相关政策的实施，确保生态补偿资金的有效性，防止出现生态补偿资金“打水漂”的情形。只有更加注重投入效率，不断加强对生态补偿政策及实践的管理与监督，生态补偿才能更好发挥作用。
