每到粮食丰收的季节，秸秆如何处理是农民最为头疼的问题，以前大多数农民处理秸秆的方式是就地焚烧，但秸秆焚烧产生的浓烟，不仅对空气造成了严重污染，还影响人们的身心健康，所以国家大力禁止秸秆焚烧，推进秸秆还田。虽然秸秆还田能改善环境质量，带来一定的生态效益，但也存在一定的危害。
一、病虫害增加
农业最怕的除了自然天气这些不可控的影响因素之外，就是病虫害。秸秆中含有大量的幼虫，且在粉碎过程中很难杀灭。秸秆还田时，幼虫又会被带到土壤中。借着第二年翻土的机会，幼虫会慢慢长成成虫，成为作物保产增产的一种隐患，甚至还会导致作物大幅减产。
二、降解周期长
还田的秸秆一般留在土壤表层，难以深入地下，且需要很长时间才能降解，播种时又会阻挡播种机下种，导致播种不均匀。另外秸秆还田后，土壤过于松软，难以控制播种的深度，将造成出苗不齐、阻挡种子出苗长等现象。
三、提高种地成本
秸秆腐熟期较长，如果没有等秸秆完全被土地吸收消化就开始种新作物，将影响作物的出苗率。此外，秸秆在腐熟的过程中，会消耗土壤中大量的氮素等速效养分，致使土壤肥力下降，影响下茬作物发芽、生根。为了保证作物的正常生长和产量，农户会持续追肥，再加上秸秆中残留的病虫害导致的一系列问题，大大提高了农民的种地成本。
四、生态位竞争
如果秸秆还田量过大或翻入土壤不均匀，将导致土壤微生物（即秸秆转化的微生物）与作物幼苗争夺养分，影响幼苗生长。同时秸秆中的草籽、病菌在翻耕过程中留在田里，也会与作物生长产生竞争，影响作物吸收营养，进而导致作物减产。
五、粉尘污染加重
秸秆还田在一定程度上会减少空气污染，但是秸秆在粉碎过程中会产生大量粉尘，漂浮在空气中。随着风力传播，粉尘就会变成另外一种空气污染，降低环境质量。
秸秆还田带来的生态效益有目共睹，但其中存在的弊端也绝不能忽视，否则土地的状况将越变越坏，农民的收益将越来越少。
