从检查情况看，2014年全国地表水国控断面中劣Ⅴ类水质断面比例9.2%，基本丧失水体使用功能；24.6%的重点湖泊呈富营养状态，不少流经城镇的河流沟渠黑臭，近海海域污染状况不容乐观。
据介绍，全国329个城市中，集中式饮用水水源地水质全部达标的城市为278个，达标比例为84.5%。86个地级以上城市141个水源一级保护区、52个水源二级保护区内未完成整治工作，且缺乏明确的考核制度和责任规定。
2014年，农业源和生活源已上升为主要的水污染物排放源，工业结构性污染特征亦十分明显。陈昌智表示，造纸、农副食品加工、化学原料和化学制品制造业、纺织业等四个行业占到工业源排放量的一半以上。“一些地方产业布局不合理，约80%的化工、石化企业布设在江河沿岸，带来较高环境风险隐患。”
陈昌智透露，2014年，环境保护部直接调查处理的重大及敏感突发环境事件中，超过60％涉及水污染。然而，基层环保机构和队伍建设相对滞后，目前我国单位面积环保执法人员为63.2人/万平方公里，基层环保部门“小马拉大车”现象普遍。
目前中国水污染防治长效机制尚不健全。陈昌智说，多数地方治污资金主要依靠国家和地方财政投入，资金来源有限。国家力推的环境污染第三方治理和PPP模式也因合法权益保障不足、项目操作复杂和论证困难、缺乏退出机制等诸多原因，社会资本观望居多，项目落地实施较难。
此外，“多龙治水”、部门职责交叉问题突出，在水资源与水环境保护、水质监测与发布、近岸海域和地下水环境管理等方面，政出多门、数据不一的现象时有发生，部分企业仍存在伪造和篡改监测数据的行为。
对此，陈昌智建议，中央财政要加大一般性转移支付力度，研究采取专项转移支付等方式，实施“以奖代补”。此外，要集中整治篡改和伪造监测数据等弄虚作假行为，依法严肃追究责任人员的民事和刑事责任。充分利用大数据等先进技术手段提高监管能力，探索实行“互联网+监管”等新模式，提高监管水平。
陈昌智说，全国人大常委会已将修改水污染防治法列入五年立法规划。检查中各方面对现行水污染防治法提出了多个修改建议，包括明确地方政府的环保责任，加大对违法企业及相关责任人的惩处力度，明确公民参与水污染防治的权利和义务，和加快制定出台排污许可、饮用水安全保障、生态补偿等配套法规。
