湖泊污染会产生十分严重的后果。
首先，对湖泊生态系统本身造成破坏。在正常情况下，氧在水中有一定溶解度。溶解氧不仅是水生生物得以生存的条件，而且氧参加水中的各种氧化-还原反应，促进污染物转化降解，是天然水体具有自净能力的重要原因。由于城市污水中含有大量有机污染物，其被排入湖体经降解释放出氮、磷等营养元素，促进水中藻类丛生，植物疯长，使水体通气不良，溶解氧下降，甚至出现无氧层，以致使水生植物大量死亡，水质变黑，水体发臭形成“死湖”，进而变成沼泽。富营养化的水臭味大、颜色深、细菌多，这种水的水质差，不能直接被利用。
其次，影响工农业生产。湖泊水质受到污染后，工业用水必须投入更多的处理费用，造成资源、能源的浪费，食品工业用水要求更为严格，水质不合格，会使生产停顿。这也是工业企业效益不高，质量不好的因素。农业使用污水，使作物减产，品质降低，甚至使人畜受害，大片农田遭受污染，降低土壤质量。
最终会危害人类健康。水污染后，通过饮水或食物链，污染物进入人体，使人急性或慢性中毒。砷、铬、镉、铵类等，还可诱发癌症。被寄生虫、病毒或其它致病菌污染的水，会引起多种传染病和寄生虫病。
