碳配额的核算对象，是新能源汽车在使用过程中相对于燃油汽车减少的二氧化碳排放量。而燃料消耗积分的核算对象，是新能源汽车在使用过程中的平均燃料消耗量。
相比之下，燃料消耗积分主要强调节能，碳配额重点强调减排，尽管侧重点不同，但目的都是促进企业加大新能源汽车的发展力度。
对此，中国工程院院士杨裕生表示，“碳排放是有一个对比的标准。这个对比的标准就是燃油车的实际燃油情况。如果燃油量下降，碳配额标准就要提高。所以这两个管理办法是一致的。”
尽管如此，但眼下两套管理办法的计算标准、处理办法并不相同，如果实施起来，企业将面临双重压力。对此，王秉刚表示，“两套管理办法的目的都是促进汽车企业发展新能源汽车，都是解决补贴退坡问题，两套管理办法应该进行统一。”
杨裕生也表示，两个主管部门对推广新能源汽车的积极性都很高，但还是应该拿出一个统一的办法。
《企业平均燃料消耗量与新能源汽车积分并行管理暂行办法（征求意见稿）》主要内容
1、燃料消耗量正积分允许结转和在关联企业间转让。新能源汽车正积分允许自由交易，不能结转
2、燃料消耗量负积分和新能源汽车负积分必须在报告发布年度内抵偿平衡，即上一年度产生的负积分本年度必须抵偿归零
3、建立企业履行燃料消耗量和新能源汽车积分管理失信企业“黑名单”制度
4、对在中国境内传统能源乘用车年产量或进口量大于5万辆的乘用车企业，设定新能源汽车积分的年度比例要求
5、对燃料消耗量负积分未抵偿企业，暂停受理综合工况燃料消耗量达不到GB 27999车型燃料消耗量目标值的新产品《车辆生产企业及产品公告》申报，暂停部分高油耗车型的生产
