目前中国生物质电站的秸秆收集方式主要分两种：一是间接收购型，电站通过农民经纪人向农民采购秸秆。如此，电站避免了直接面对数量庞大的农民，省去了很多时间和精力，而且可以仰赖这些有地方实力的经纪人保证生物质原料的定时定量供应，但是此种模式问题颇多，经常出现经纪人恶意抬价的情况，电站为了保证原料供应，不得不妥协。
另一种是直接收购型，电站设立直属收购站，向农民直接收购秸秆。此种方式虽然可以避免经纪人恶意垄断原料，但是电站却必须直接面对大量农民，沟通成本和收集成本很高，而且农民认识到秸秆价值后，也会坐地起价，有些农民为了增加秸秆重量，会往秸秆里面浇水，甚至掺沙和石头，这不仅使秸秆收购成本上升，还会造成锅炉损坏，所以一般收购站都会设立分拣流程，将沙石去除，这大大增加了生物质原料的采购成本。
另外，由于生物质热值较小，同等热值生物质原料的体积远大于煤，而且，生物质电站一般都建于农村，道路状况和运输工具都不佳，这都限制了生物质原料的收集半径，抬高了原料运输成本。由于原料无法保证，很多电厂为了发电，只能掺烧煤，这不仅有违生物质发电的绿色初衷，对锅炉也有损害。
