河长制之所以在实践中有效，是因为它有以下优点。
1．解决了多龙治水互不协调的老大难问题。涉水管理部门很多，有水利、环保、城建、国土、农业、林业、交通、电力、气象、市政等等，相互协调很难。河长制由地方首长任河长，具有协调的权限和权威，便于协调各部门的工作。
2．实现了河湖水系的综合管理。河长统管水资源保护、水域岸线管理、水污染防治、水生态治理，在组织方式上实现了水量与水质、水域与陆域的流域综合管理。
3．提供了落实地方政府对环境质量负责的具体制度。虽然环境保护法规定了地方政府有对其行政区域环境质量负责的职责，但以前缺乏评估、考核、奖惩的具体制度。河长制的实施，建立了很具体的地方首长对河湖水环境负责的监督考核制度。
4．提供了跨区域水管理的矛盾解决机制。跨界河湖的管理因为涉及到不同区域之间的利益冲突，往往难以协调。而河长制明确河流分段（分片）责任制，对交接断面的水量、水质进行考核，实行奖优罚劣，提供了协调上下游以及左右岸关系的制度机制。
5．“党政双责”把党的领导优势调动到了河湖治理之中。地方的重大决策、人事安排都是党委决定的，如果只要求政府负责人对有关决策的后果负责，就有点权责不对称的不公平，因为政府负责人往往只是执行者，而不是真正的决策者。河长制中“党政双责”制度的建立，要求党委负责人对当地河湖环境负总责，使得决策的权力与责任更为平衡。同时，推行“党政双责”，也有利于把党的领导优势充分发挥到河湖治理中来。
在中央深改组通过《关于全面推行河长制的意见》之前，住建部、环保部于2015年8月发布了《城市黑臭水体整治工作指南》，要求明确黑臭水体的责任人——即河长或湖长。黑臭水体治理中的一大亮点是住建部、环保部搭建了全国城市黑臭水体整治信息发布平台，公众可以通过电脑、手机登录平台查询，可以通过手机进行定位和举报。
“河长制”实施中存在的问题
不过河长制在实施中也存在一些值得注意的问题。
1．有些地方偏离了“首长负责制”。各地在上报黑臭水体的责任人，即河长或湖长时，很多地方报的不是政府首长，而是五花八门的人员，包括：政府分工主管副职，行业主管部门正职或副职乃至一般人员，政府其他部门如农办、执法局、武装部的人员，基层水务站、市政工程管理所、园林所、设施建设管理办公室乃至基层居民自治组织负责人等等。这些“非首长”的河长，肯定起不了首长综合协调的作用。实际上，他们应该是河长下面的办公人员，而不应该是河长。
2．一些地方流于形式。河长制不只是挂牌公示而已，而是需要有一系列的治理措施，需要有科学的规划、缜密的设计、精细的施工、严格的管理，需要有资金、人力的投入，如果没有这一系列投入和动作，只是挂个牌，河长制就发挥不了作用。
另外，实行河湖首长负责制，将成为今后相当长时期内的一种水治理制度，虽然明确了地方首长对河湖治理负总责，但如何结合各地实际更合理地设置和协调其下的管理部门，以适应高水平综合管理河湖的要求，仍需要努力探索。
