特别是“五大湖”，除洪泽湖外，都是长江流域的“棋子”。有专家说，要治理湖泊，就不能不管长江。必须以长江流域为单位，将各自的治理工作置身于整个长江流域水治理的大背景下去统筹规划：
在流域层面统筹考虑湖泊富营养化控制、河流综合整治、城市水环境治理、饮用水安全保障、监控预警等研究内容，强化流域顶层设计；
建立流域统一高效的资源和信息共享机制，解决流域内上下游、左右岸的跨界责任落实问题；
按流域进行成果集成，凝练流域共性技术。
创新融资模式突破资金瓶颈
兴水利、除水害历来是治国安邦的大事。两级财政分开后，地方政府逐渐成为水利工程出资的主体之一。保运转、保民生之外，所增加的湖泊治理这笔投入，从何处来？
西洞庭的湖南安乡县一位财政部门负责人表示，安乡县年财政收入4.8亿元，人均财力只相当于全国平均数的8%。即使全年连一座公厕都不建，保运转还差11亿元。“不少需要县级财政出配套资金的治理项目，我们都不敢接。”
为资金犯难的不只是安乡县。安徽最早提出的口径是，环巢湖生态修复一二期项目总计投资300亿元，而到2012年时一期工程投资预算已超过500亿元。而最新的数据是，包括新筹备的三至五期项目在内，环巢湖生态保护及修复工程总投资额1420多亿元，这还不是最终决算数据。
一位受访专家介绍，地方财政资金压力大的同时，国家各部委基本上从各自职能出发，分别从防洪、污水、垃圾、水利、资源综合利用等方面给予支持，要求项目建设内容必须单一，不与其他建设内容相融合，这就出现了上下左右难以形成资金合力的问题。
一位全国人大代表在洞庭湖调研后建议，建立国家中央生态补偿专项基金，同时积极考虑引入社会投资、捐赠和国际资金。优先考虑民生，特别是优先补偿湖区人畜饮水等基本生存保障的项目，推动湖区产业转型，发展生态循环农业，引导湖区人民自力更生，休养生息。
中国水环境集团有关专家表示，各级政府要主动拆除民营资本进入“五大湖”区公益事业项目的壁垒，创造条件构建新的融资机制。如BOT模式、公私合作等，以促进在湖泊流域水污染控制等方面的民营资本进入，从而增大设施的建设规模并提高运行效率。还可以借鉴国外经验，尝试施行排污权交易制度。
安徽省巢湖市一位负责人则表示，巢湖筹措治理资金的机制值得借鉴：合肥市政府多渠道筹措巢湖专项资金池，实行专户管理，专项用于工程项目资本金和债务本息偿付。资金池来源为各县(市)区政府、开发区管委会。其中，有水利建设资金的50%、经营性用地出让收入的5%、预算安排的资金(原则上按上年度地方财政收入决算数的1%安排)、水利部专项补助资金、部门争取的中央和省补助资金、国债资金、巢湖生态专项资金专户利息收入和其他收入。当以上资金仍不能满足需求时，由合肥市本级财力统筹解决。
