其次，必须重视湖泊加速退化难以遏制问题。
相关权威研究指出，长江中游以湖泊为代表的湿地受人类生产活动长期影响，遭遇了不同程度的破坏。从历史上看，昔日的云梦泽早已不见踪迹。曾“衔远山、吞长江”的洞庭湖支离破碎，一些曾经繁盛的物种已灭绝或濒临灭绝。湖泊的环境净化功能、水量调蓄功能等都在不断降低。
受访专家认为，湖泊退化会导致其所在地区水文格局和区域气候变化，进而导致这些地方生态承载能力、抗干扰能力、可恢复能力降低，最终导致生物多样性减少乃至丧失、多样性基因和各种化学元素灭绝、生物多样性相互作用永远消失等生态灾难。
对于背后的深层次原因，湖区多位受访干部群众和业内专家都不约而同地谈到，“五大湖”面临的生态问题，“污染在水中，根子在岸上”。
其一，开发性条款多，限制性条款少。
多位基层干部和群众反映，新侵湖行为之所以屡禁不止，关键是当前仍未处理好开发与保护的关系。相关地方的制度设计和实际执法依然单一从“促进发展”出发。例如，违法超标排污，环保部门只能一次性处以应征收排污费的数倍罚款，涉湖建设项目不经环评审批擅自建设，往往依法“责令补办”，而“责令恢复原状”缺乏强制措施。
其二，水域无序开放，缺乏监管。
过去很长一段时间，“走水路，奔小康”成了洪泽湖沿湖村镇的致富口号，鼓励圈圩和围网养殖。“有的农民借款投资搞养殖。一旦遇到清理整治，就坐在挖掘机爪子里，甚至还威胁要‘喝农药’。”江苏省洪泽湖水利工程管理机构一位干部说，长期以来，水域的无序开发，缺乏基层组织的有效监管。甚至有的镇、村一级的组织还鼓励农民搞开发。江西省林业厅一位干部认为，一些乡镇政府虽在承包合同上注明了不能从事破坏行为，但出于利益考量，往往不会对农民的无序开发行为进行有效干预。
其三，对控污的认知仍不到位。
“在有的地方，公检法等机关对民间环保诉讼案件，还存在认识不到位的问题。有的甚至认为是‘小题大做’。当地群众也不了解应如何依法依规处理农业污染问题。种养业者尚未树立起绿色生产的理念，有的存在‘破罐子破摔’的心态，出现了恶性循环的现象。”湖南、江苏及江西等地多位受访基层干部这样认为。
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