为了鼓励秸秆还田和综合利用，我市多年来一直对机械化还田、离田收储和利用环节给予补贴，补贴力度全省市级城市中最大。其中，给予农户每亩40—45元机械化还田或离田收储补贴；对秸秆利用企业，按秸秆处理量给予梯度补贴：年处理秸秆1000—2000吨，补贴5万元；年处理秸秆2000—5000吨，补贴10万元；年处理秸秆5000—10000吨，补贴20万元；年处理秸秆10000吨以上的，补贴30万元。
虽然政府支持力度很大，但因为秸秆利用产业本身的特点限制，企业普遍处于处理量和利润均偏低的状态。统计显示，目前我市170余家秸秆综合利用单位，去年处理秸秆约45万吨，每家平均只处理了2600吨，年处理量超过10000吨以上的单位只有6家。
“秸秆利用存在两大瓶颈：一是收集成本过高，二是加工出来的秸秆制品科技含量、附加值低。”一名业内人士分析，秸秆分散在地域广阔的农村，收集、打捆、运输环节的成本相加，甚至远高于秸秆的收购价格，所以很少有农户愿意主动收集秸秆卖给利用企业。此外，企业生产的肥料、基料等，相当一部分存在销路不畅、卖不上价格等诸多问题，导致利用企业积极性不高。
高淳种粮大户魏清在3年前曾经专门购置秸秆打捆机，准备将600多亩承包地的秸秆收集、打捆后销售，但在试点一季后就放弃了。首先，秸秆打捆机自重太重，而南京大多属丘陵地区，打捆机在小块田地里无法发挥优势；其次，人工收集的人工费每人每天起码150元，加上打捆、运输费用，一吨秸秆收集成本远远超过每吨260元的收购价。
无奈之下，他只好将秸秆打捆机转手，从此600多亩承包地的秸秆全部就地还田。魏清告诉记者，前几年，有投资商曾在高淳桠溪办了个秸秆加工厂，将秸秆压块后加工成燃料，但由于燃料热值太低卖不出去，加工厂很快就倒闭了。
业内人士曾经测算，每亩小麦约产生0.43吨秸秆，也就是说，收集1吨秸秆，需要将约2.5亩地的小麦秸秆收集、打捆，因此成本高昂。这点绿洲秸秆专业合作社负责人成安才也深有体会，他说，主要农村劳动力不足，青壮年外出打工，很多老人没力气送货；而运输成本过高，他们也不愿意上门收，现在他们收集范围最远到六合新篁，大约30多公里，再远就不划算了。
“从目前情况看，秸秆综合利用仍属于 弱质 产业。”市农委装备处有关人士表示，所谓“弱质”，指秸秆利用技术处于初级开发阶段，产品科技含量低、附加值低，核心竞争力不强，好多秸秆综合利用企业处于低利润甚至亏损的边缘。
