水资源丰富也使得祁连山里的小水电于1990年起繁忙起来。通报指出，当地在祁连山区域黑河、石羊河、疏勒河等流域高强度开发水电项目，共建有水电站150余座，其中42座位于保护区内，存在违规审批、未批先建、手续不全等问题。
央视2017年1月的报道涉及甘肃电投河西水电开发有限责任公司黑河龙首二级水电站和甘州区黑河水电公司小孤山水电站，这两个水电站在运行过程中均存在下泄生态用水量不足、发电高峰期甚至存在完全断流的问题。随后，当地环保部门下达《责令改正违法行为决定书》，并对上述两个水电站处分别处罚10万元。
寺大隆二级水电站所在位置为缓冲区，张掖市寺大隆林场寺大隆自然保护站分别于2014年1月和2015年10月向张掖市宝隆水电公司下达了停工通知，寺大隆二级水电站至今一直处于停工状态，但是在2017年2月媒体报道时尚未吊销各项许可、关闭退出。
2017年1月，央视记者调查时的黑河。 视频截图
三、周边企业偷排偷放问题突出
保护区内水电站的违规排污也会对保护区造成污染。石庙二级水电站尾水渠、引水渠内存在油污，尾水渠左岸有焚烧废弃物的现象。2017年1月央视报道后，甘肃有关方面查实，而石庙二级水电站负责人因此被拘留。此次通报又点明，石庙二级水电站将废机油、污泥等污染物倾倒河道，造成河道水环境污染。
保护区外的企业也威胁着祁连山。
张掖市巨龙铁合金有限公司公司毗邻保护区，因废气不达标排放被媒体曝光，2017年2月时已全线停产。通报指出，该公司大气污染物排放长期无法稳定达标，当地环保部门多次对其执法，但均未得到执行。
2017年1月，央视记者调查时正在排放污染物的工业企业。 视频截图
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