对此，通报对祁连山生态问题产生的表述是：虽然有体制、机制、政策等方面的原因，但根子上还是甘肃省及有关市县思想认识有偏差，不作为、不担当、不碰硬。
通报认为，在立法层面是为破坏生态行为“放水”。《甘肃祁连山国家级自然保护区管理条例》未对保护区内的矿山探采做出相应规定。
《条例》历经三次修正，在最近一次的修订（2015年）说明中，曾建议将第十条中“禁止在保护区内进行狩猎、垦荒、烧荒等活动”修改为“禁止在保护区内进行采石、开矿、挖沙、取土、开垦、砍柴、采药、捕捞、狩猎、烧荒、采摘林木果实等活动”。然而建议最终未被采纳，导致部分规定始终与《中华人民共和国自然保护区条例》不一致。第十条依旧缩减为“禁止进行狩猎、垦荒、烧荒”等3类活动。
中央环保督察组甘肃组成员马国林对此公开表示：“3种（活动）恰恰是这几年很少发生的行为，而放水的7种行为恰恰是这几年多的，比如开矿这些行为，以法规的形式予以保留。”
除了《条例》，在《甘肃省矿产资源勘查开采审批管理办法》里，也存在与国家相关法律不一致的情况。甘肃省国土资源厅党组书记副厅长王忠民在2017年7月20日的《焦点访谈》里说：“我们自己违反了国家的规定，在实验区、缓冲区设置了探矿、采矿，甚至在核心区也设置了探矿和采矿权。最为关键的问题是我们把国家的禁止改为了限制。”
通报点明，2016年5月，甘肃省曾经组织对祁连山生态环境问题整治情况开展督查，但未查处典型违法违规项目；甘肃有关省直部门和市县在贯彻落实党中央决策部署上作选择、搞变通、打折扣。甘肃省从主管部门到保护区管理部门、从综合管理部门到具体审批单位“不作为、乱作为，监管层层失守”。
据《甘肃日报》6月24日的报道，6月23日，甘肃省委、省政府召开全省祁连山自然保护区生态问题整改工作领导干部会议，会上传达《中共中央办公厅国务院办公厅关于甘肃祁连山国家级自然保护区生态环境问题督查处理情况及其教训的通报》精神。
甘肃省委书记林铎在会上强调，要深入反思检讨，汲取深刻教训，知错就改、知耻奋进。
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