1、物理处理法：通过物理作用分离、回收废水中不溶解的呈悬浮状态的污染物，主要采用沉淀、过滤、离心分离、气浮、蒸发结晶、反渗透等方法，将废水中悬浮物、胶体物和油类等污染物分离出来，从而使废水得到初步净化；
2、化学处理法：通过化学反应和传质作用来分离、去除废水中呈溶解、胶体状态的污染物或将其转化为无害物质的废水处理法；通常采用方法有：中和、混凝、氧化还原、萃取、汽提、吹脱、吸附、离子交换以及电渗透等；
3、生物处理法：通过微生物的代谢作用，使废水溶液、胶体以及微细悬浮状态的有机物、有毒物等污染物质，转化为稳定、无害的物质的废水处理方法；生物处理法又分为需氧处理和厌氧处理两种方法，需氧处理法目前常用的有活性污泥法、生物滤池和氧化塘等，厌氧处理法，又名生物还原处理法，主要用于处理高浓度有机废水和污泥，使用处理设备，主要为消化池等。
发酵工厂废水含有较多的有机物质，针对这种情况选择生物处理方法较为合适。
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