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根据水利部《关于印发长江流域水资源保护局主要职责机构设置和人员编制规定的通知》（水人事[2012]1号），水保局职责主要包括：负责水资源保护有关法规的实施和监督检查；组织编制流域水资源保护规划并监督实施；组织拟订跨省（自治区、直辖市）江河湖泊的水功能区划并监督实施；承办授权范围内入河排污口的设置审查、监督管理；组织指导流域内水资源质量的监测、调查与评价；负责取水许可中的水质管理；指导协调流域饮用水水源保护工作、水生态保护和地下水保护有关工作；协调省级水污染纠纷，参与重大水污染事件的调查处理；组织开展水资源保护科学研究和信息化建设工作等。
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