污染来源一：
省界污染源整治不力：韩江省界污染源整治不力，水体污染严重。韩江约有40%流域面积在福建省境内，目前，韩江流域省界河流污染比较严重的主要有石窟河、松源河、梅潭河和漳溪。2002年以来，福建省武平县中山、十方、岩前3镇和象洞乡生猪养殖业快速发展，养殖业废水、废料、生活污水和工业废水未经处理直接排放。
污染来源二：
上游水库水质恶化：“韩江上游我省部分水库水质呈恶化趋势”。报告显示，根据2010年监测情况，除长潭、多宝水库水质出现比较严重污染外，清凉山、桂田、益塘、合水、青溪、双溪等水库，也有部分水库水质不达标。合水水库由2009年的Ⅲ类水质降为Ⅳ类，超标项目主要为总氮、粪大肠菌群，水质恶化趋势明显。合水水库库区及上游工业废水排放量约为262万吨/年，生活污水排放量为1057万吨/年，是合水水库主要的污染源。
污染来源三：
下游粪大肠菌群超标：韩江下游三角洲河网水污染问题也日益突出。根据2010年监测，下游三角洲河网饮用水功能区水质超标项目主要是粪大肠菌群。其中以6～9月超标最多，表明雨季沿岸人畜粪便等污染源被雨水冲入水体，以及夏天水体有利于粪大肠菌群的繁殖，造成汛期粪大肠菌群含量比枯水季节高。
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