2000年3月，根据中国石化集团公司重组改制上市的战略部署，原九江石化总厂一分为二，主业全部划入中国石化股份公司，组建了中国石油化工股份有限公司九江分公司；非主业部分保留中国石化集团九江石油化工总厂名称，形成了总厂、分公司（合并简称九江石化）并存的新体制。
2007年，根据中国石化集团公司整体改革的工作安排，九江石化总厂将于9月20日前完成总厂体制转换，成立中国石化集团资产经营管理有限公司九江分公司，注销中国石化集团九江石油化工总厂。中国石化集团资产经营管理有限公司九江分公司于5月22日工商注册成立。
投产27年来，企业不断得到发展壮大，实现了由单一的石油炼制型向集炼油、化工、化肥为一体的石化联合企业的成功转型。1980年建成了炼油一套系列；1997年开始“第二次创业”，相继建成投产了第二套常减压、第二套催化、16万吨/年气分装置、52万吨/年尿素装置、30万吨/年合成氨装置、7万吨/年聚丙烯（2003年扩建到10万吨/年）等装置，1998年12月28日兼并了九江化肥有限责任公司；2004年开始“第三次创业”，新建焦化、加氢、PSA、污水汽提、硫磺等5套装置，于2006年3月全部实现投产成功，为九江石化进一步提升原油的深度加工能力、确保产品质量、促进环境友好迈出了坚实的一步。截止2007年6月份，九江石化已累计完成炼油加工量5497万吨，生产化肥458.82万吨，生产聚丙烯81.44万吨，实现利税100多亿元。企业管理逐步与国际接轨，建立并运行了HSE、计量和质量管理体系，实行了内部控制制度，标准体系获国家4A级最高认证。
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