1.由于气体燃料的能量密度低，单用天然气为燃料的汽车携带的燃料量较少，一般行驶距离较汽油车短。由于气体燃料在气缸中的可燃混合气里占有一定的容积（汽油机气缸中流体燃料所占容积忽略不计），在同样的气缸工作容积下，用天然气作燃料时做功少。而目前用的天然气发动机大多是由汽油机改装的，因而汽油车在改用天然气后的功率往往会下降10%～20%左右，这就是驾驶员所说的爬坡费力、加速响应慢（尤其是高挡加速时）等现象。一般柴油车如果用前文所说的“双燃料”方式改装天然气，则不会出现这种现象，但改装件的结构较为复杂。
2.由于目前的“油改气”多是在原来的汽油车或柴油车的基础上改装的，原来汽油机或柴油机的燃油系统大多保留。这样，增加的天然气燃油系统，特别是气瓶使原来的汽车的有效空间减少，本身的自重也增加了。
3.天然气是气态燃料，不容易储存和携带。为此需要加压或液化以便装瓶，还需要建造比汽油、柴油加油站投资都大的加气站，并形成一定的网络，一次性投资较大。
4.将现有的汽车改用天然气作燃料时，需增加发动机燃油系统的部件，如储气瓶、减压阀、混合器等，需要一定的改装投资。
由于目前以天然气为燃料的汽车绝大部分是由汽油车和柴油车改装而来的，考虑到改装后汽车行驶的通用性，所以常将原来的燃油供给系统保留不变。改装后的汽车既可使用汽油或柴油，也可使用天然气。两种燃料不同时使用的汽车称为“两用燃料”(Bi—Fuel)汽车；两种燃料可以同时使用的汽车称为“双燃料”(Dual-Fuel)汽车，比如柴油车改用天然气燃料后，将原来的发动机柴油燃油系统保留，用少量柴油喷入气缸点燃天然气，这种能使两种燃料同时在气缸中工作的汽车即为双燃料汽车。
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