【专家解说】：A、农业生产上进行秸秆还田的原理是人们利用土壤中的微生物把秸秆中的有机物分解成无机物，重新被植物吸收利用，不符合题意．
B、馒头长的毛主要是曲霉等霉菌引起的，曲霉菌在馒头上大量繁殖，使得馒头发霉长毛，不属于人们对微生物的利用，符合题意．
C、某些细菌、甲烷菌等微生物能分解沼气池中的废物、秸秆、粪便等，产生沼气，是一种清洁能源，是对微生物的很好的利用，不符合题意．
D、豆科植物的根瘤中有根瘤菌，能固定空气中的氮，提高土壤的肥力，人们常利用根瘤菌的这一固氮作用进行豆粮间作，瓜类与豆类轮作等．不符合题意．
故选：B
