B、用经过沼气池处理的粪尿、农作物的秸秆做肥料，提高了能量利用率，B正确；
C、多施农家肥料，可以增加农田中多种无机盐，提高土壤肥力，有利于保护农田，C错误；
D、用不经过处理的城市用水含有有害物质，D错误．
故选：B．
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