1、会加剧吸收塔内金属件腐蚀。脱硫设计吸收塔内金属件时把吸收塔内浆液允许的氯离子浓度作为一个重要的设计依据，允许氯离子浓度越高，使用的材料就越好，同时造价就越贵。
2、脱硫系统没有按照设计要求排脱硫废水，不排脱硫废水的后果除了显示氯离子浓度超标外，同样吸收塔内的惰性物质（如不参加反应的灰、杂质等）也无法排出系统之外，这部分物质会包裹石灰石的微小颗粒而阻止石灰石同硫氧化物的反应，造成脱硫效率下降，因此氯离子的浓度过高通常会伴随这脱硫效率的降低，或者说要用更多的石灰石浆液补入吸收塔才能得到同样的脱硫效率。
3、氯离子过高刚出现时，必须立即掐断氯离子来源，时间长了会造成浆液中毒，如果浆液中毒就只能进行置换了。
4、对工业废气进行脱硫处理的设备以塔式设备居多，即为脱硫塔。脱硫塔最初以花岗岩砌筑的应用的最为广泛，其利用水膜脱硫除尘原理，又名花岗岩水膜脱硫除尘器，或名麻石水膜脱硫除尘器。优点是易维护，且可通过配制不同的除尘剂，同时达到除尘和脱硫（脱氮）的效果。
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