建议按以下过程和方法进行账务处理：
一、收到补助资金时：
借：银行存款，
贷：专项应付款——燃煤锅炉清洁能源改造补助资金。
二、发生费用支出时：
借：在建工程——燃煤锅炉清洁能源改造工程，
贷：银行存款或者库存现金等科目。
三、工程完工时：
1、先将专项应付款转入营业外收入：
借：专项应付款——燃煤锅炉清洁能源改造补助资金，
贷：营业外收入——补助收入——燃煤锅炉清洁能源改造补助收入。
2、接着结转在建工程成本：
借：营业外支出——燃煤锅炉清洁能源改造工程支出，
贷：在建工程——燃煤锅炉清洁能源改造工程。
四、需要说明事项：
1、采用单一工程成本法构成固定资产价值部分，应增加固定资产价值列入管理：
借：固定资产——燃煤锅炉——改造工程增值，
贷：资本公积。
2、在建工程也可以采用完全成本法进行核算，即将账面固定资产价值转入在建工程列入工程成本核算，工程完工时再按在建工程账面成本价值转入固定资产价值重新列入固定资产管理。