（2）该生态系统充分利用了粪便等废物中的能量，因此相对一般农业生态系统而言，此生态系统能提高经济效益．
（3）沼气池中的微生物属于分解者，在该生态系统中的主要功能是分解作用；沼气燃烧后生成的CO2通入大棚内可以增加大棚中CO2浓度，增强植物的光合作用，提高作物的产量．
（4）输入到禽畜体内的能量除通过呼吸作用以热能形式散失外，还用于禽畜自身的生长、发育、繁殖等生命活动．
故答案为：
（1）物质循环再生原理、协调与平衡原理、整体性原理、系统学和工程学原理
（2）粪便等废物
（3）分解作用 可以增加大棚中CO2浓度，增强植物的光合作用，提高作物的产量
（4）生长、发育、繁殖
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