一般认为，新能源有污染少的特点。听起来似乎结论很明显：可再生新能源的能量直接间接来自太阳，在使用形式方面一般以电为主，能源转化过程清洁，常规污染物普遍少，使用的时候也没有化石能源的各种排放问题。不过，事情并不是这么简单。
一些听起来不错的新能源概念，并不一定比传统能源更加环保，甚至有的新能源生产过程消耗的外来能量高于其所产出的能量。所以，在新能源的推广和应用过程中，一定要切实做好翔实分析，搞清楚利弊，尽可能降低其环境影响，使新能源真正起到清洁能源的作用。
环境健康危害的评价方法比较复杂，因为要把众多影响因素归结到一个单一的指标来衡量，主观性很强，结论也不一致。2009年，美国科学院公布了一份名为《能源隐性成本：能源生产和使用过程中的后果》的报告，分析了以美国为背景的各类能源在生产和使用过程中的环境和健康代价，把各种环境健康危害换算成美元进行比较。这个报告认为，整体来说，使用先进技术、在有严格污染控制的情况下，以电力为最终产品的各种新能源，在环境、健康、温室气体排放方面相对火电都是有益的。
因为目前中国电力中煤炭比例很高，污染治理也没有跟上，行驶同样里程，全电动汽车的生命周期二氧化硫排放是汽油车的3～10倍，氮氧化物排放也要翻一番，同时却不一定能够实现二氧化碳减排，看起来环境好处非常有限。
当然，全电动汽车在使用终端没有污染，对于缓解城市污染仍然有正面意义，如果把全电动汽车作为一个发展方向，那么就需要在发电的清洁方面和污染治理方面下不少工夫，以免被扣上转移污染的帽子。以已经在国内部分地区开始应用的粮食乙醇汽油为例，在考虑了生命周期各个环节之后，行驶同样的里程，乙醇汽油路线的温室气体排放竟然高出汽油路线30%以上，生产粮食乙醇所消耗的外来能量，也超过了粮食乙醇产品中所含有的能量。
这样的乙醇，在能源利用效率和温室气体减排两个方面都没有新能源应该有的好处。很显然，在美国合适推广的内容，在中国不一定合适推广。造成这个不同的原因大约有两方面：一是在种植阶段，中国有非常普遍的滥用化肥和农药现象；二是中国相关加工工艺的技术水平与国际仍有差距，能耗高。这并不等于生物质的液体燃料前途就不光明，只不过在利用生物质作为资源生产各类液体燃料的时候，需要全面考察其清洁性，扶持真正节能减碳的路线。
