我国生物质能发电产业虽然发展前景广阔，但发电能力依然较低，生物质能发电装机容量在可再生能源发电装机容量中只占0.5%的份额，远低于世界平均25%的水平，并且生物质能发电的盈利能力亟待提高，从总体上来看，我国大多数生物质能发电技术尚处于初级阶段，并且在核心技术领域缺少自有知识产权，生物质能技术的产业化和商业化转化程度低，缺乏持续发展的动力。
虽然生物质能发电在国外已经有了比较成功的案例，但是受经济、技术、思想观念、人文自然环境等因素的影响，中国生物质发电产业的成形与发展，尚属任重道远。首先，在如何运用国际碳交易获利上，我们的企业有一个熟悉的过程，参与国际碳交易的能力有待提高； 其二，国家相关产业优惠政策的实施，还有一个不断完善的过程；其三，过去国内没有现成的技术设备，需要有符合中国实际的生产装备，需要技术的革新，来提高效率、降低成本。其四，就是在燃料的收集上，存在存储和供应不均衡的难题，特别需要运用本土智慧。
生物质能发电正面临着一些需要认真研究和积极解决的问题：
第一，生物质能发电产业与上下游配套产业发展不协调；
第二，生物质能资源的收集、运输、加工以及贮存仍面临一定困难，生物质发电的燃料成本构成要比传统发电复杂。与传统燃料不同，生物质发电燃料成本除了秸秆等原料的购买成本外，加工成本、储运费用以及损耗占燃料成本较大比重；
第三，生物质直燃发电技术是一个跨度较大的综合性新领域，既涉及到农业、农机，又涉及到系统的运筹和管理，国内从基础性科学、工程设计、机械设备等方面的研究都滞后于现在产业的发展水平。
第四，促进生物质能发电行业发展的财政金融税收优惠政策出台相对滞后，有关补贴政策与实际发展存在不适应现象；
第五，上网电能定价难以支撑生物质能发电厂的正常运营，尚不能满足生物质能发电发展要求，生物质发电定价模式不能正确引导生物质发电产业的均衡发展；
第六，生物质能发电尚处于初始示范项目阶段，示范项目从立项、建设、发电上网到验收，还没有专门的管理办法；
第七，生物质发电产业发展过程中的配套服务产业有待进一步发展；
第八，生物质发电产业发展的融资渠道单一，缺乏健全的风险投资体系；
第九，生物质发电产业发展的政策支持力度不够，现有政策还缺乏具体有效的实施形式，实施标准有待细化；等等。
