2016年9月22日，《关于省级以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革试点工作的指导意见》（以下简称《意见》）正式公布。县级环保局将不再由县政府管理，改由市级环保部门直管。
未来，省级环保部门将聚焦在对市县环境质量的监测考核和环保履责情况的监督检查，市县环保部门聚焦属地环境执法和执法监测。
“垂改要动体制、动机构、动人员，是对地方环境保护管理体制的一项根本性改革。”《意见》公布同日，环保部召开新闻吹风会，环保部地方环保垂直管理工作小组办公室副主任吴舜泽对《意见》的出台进行介绍。
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历时十月，地方调研
《意见》起草历时十个月，先后赴湖北、福建等省份进行调研。
“起草本次《意见》的调研过程，除了深入地方外，还包括邀请相关人员来北京座谈，以及对全国31个省市都下发了文件，征求意见。”环保部地方环保垂直管理工作小组办公室主任叶民对南方周末记者介绍。
环保机构监测监察执法垂直管理制度最早于十八届五中全会上提出，环保部、中央编办、中组部、国家发改委、财政部、人力资源和社会保障部、国务院法制办7部委共同组成上述垂直管理改革领导小组，并于2016年7月22日通过了中央全面深化改革领导小组的审议。9月14日，中央办公厅、国务院办公厅向相关部门印发了《意见》。
“地方党委政府比较担心的是：环保系统垂改之后，环境履责缺少机构、缺少手段。所以我们非常注意如何既让他们有责任，又有措施保证他们履责。”吴舜泽在回答南方周末记者提问时提到。
“我们在陕西调研时仔细了解了这一问题，陕西自2002年起推行环保管理体制改革，十四年的经验来看，县级政府在环保部门成为市级环保局分局后，履责问题并没有发生大的变动。”吴舜泽说。
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环境监察：省督市县
“从前，市县环保局与监测、监察、执法等部门之间是领导与被领导关系。垂改后，可能会变为兄弟关系，甚至上下级关系发生颠倒。这也是市县环保局所担心的。”吴舜泽对南方周末记者说。
根据《意见》，省级环保部门统一承担生态环境质量监测评价考核和市县两级环境履责情况的环境监察责任，市级承担辖区内环境执法责任。
“省级环保部门直接管理市级环境监测机构，可以防止环境质量监测数据受到干扰，确保环境质量的监测数据真实有效。驻市级环境监测机构的人财物管理在省级。”吴舜泽介绍。
县级环保局作为市级环保局的分局，其人财物及领导班子成员均由市级环保局直管。市级环保局领导班子则由省级主管。
