但随着光伏、风电装机量越来越大，补贴金额开始入不敷出。按照现行规定，可再生能源发电项目上网电价高于当地脱硫燃煤机组标杆上网电价的部分，通过全国征收的可再生能源电价附加解决。国家发改委近年来多次上调该项电价附加征收标准，但补贴仍然存在巨大缺口。在9月份召开的首届德令哈光热大会上，国家能源局新能源和可再生能源司新能源处副处长邢翼腾表示，到今年年底，可再生能源补贴缺口将达到600亿元。“这600亿缺口从哪里出，现在仍然不知道。”邢翼腾称。
因此，无论是从激励企业提高核心竞争力来说，还是从补贴金额的支付能力来说，可再生能源电价补贴下调都是大趋势。企业必须逐渐脱离政府补贴的扶持，练好内功，参与到市场竞争中来。
在光伏行业方面，今年5月30日国家发改委、能源局联合下发《关于完善光伏发电规模管理和实施竞争方式配置项目的指导意见》，明确要求光伏发电领跑者基地“必须采取招标或竞争性比选等方式配置项目，且电价(或度电补贴额度)应作为主要竞争条件”。由此，光伏上网电价引入了市场竞价机制。
另外，业内广泛流传着一份文件，即9月底时国家发改委下发了《关于调整新能源标杆上网电价的通知(征求意见稿)》，拟将2017年光伏上网标杆电价由原来的0.80元/千瓦时、0.88元/千瓦时、0.98元/千瓦时下调为0.55元/千瓦时、0.65元/千瓦时、0.75元/千瓦时。这一降幅之大也超出行业预期。
在风电行业方面，11月份发布的《风电发展“十三五”规划》也提出要建立优胜劣汰的市场竞争机制，规范地方政府行为，纠正“资源换产业”等不正当行政干预。规范风电项投资开发秩序，杜绝企业违规买卖核准文件、擅自变更投资主体等行为，建立企业不良行为记录制度、负面清单等管理制度，形成市场淘汰机制。
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