祁连山处于甘肃青海两省交界的地方，南坡在青海省，北坡在甘肃省。1988年，成立了甘肃祁连山国家级自然保护区。 过去，甘肃祁连山国家级自然保护区的界限不很明确，到2014年，国务院正式划定了甘肃祁连山国家级自然保护区核心区、缓冲区、实验区的界限。
但是，近几年来，甘肃省并没有严格执行这一法律规定。2017年初，中央电视台记者深入祁连山腹地调查，发现了这里环境被破坏的情况。
为了尽快扭转这种违法破坏生态环境的局面，2017年的2月，中央决定由党中央、国务院有关部门组成中央督查组再次进驻祁连山，进行了20天的专项督查。通过督查组调查核实，保护区内有144宗采矿、探矿项目，其中有14宗是在2014年国务院明确保护区划界以后违法违规审批延续的，涉及核心区3宗，缓冲区4宗，造成保护区局部植被破坏，水土流失，地表塌陷。同时，当地在祁连山区域黑河、石羊河、疏勒河等流域高强度开发水电项目，共建有150多座水电站，其中42座位于保护区内，存在违规审批、未批先建、手续不全等问题，因水电站在设计、建设、运行中对生态流量考虑不足，导致下游河段出现减水甚至断流现象，水生态系统遭到严重破坏。此外，周边部分企业环保投入严重不足，污染治理设施缺乏，偷排偷放现象屡禁不止。这次督查还重点就生态环境破坏背后的原因进行了深入分析，对相关单位、人员的责任进行了调查取证。
祁连山的生态位置如此重要，当地为何还要不惜以破坏生态环境为代价，违法违规审批运行这些项目呢？甘肃省人民政府副秘书长王向晨说：“我们甘肃省是一个欠发达的省份，经济增长对矿产、水电等资源的开发依赖程度比较高。生态环境保护，有向经济发展让路的倾向。体现在我们的监管上，必然会导致失之以宽、失之以软。”
督察组认为，这些问题的产生，虽然有体制、机制、政策方面的原因，但根子上还是甘肃省及有关市县思想认识有偏差，不作为、不担当、不碰硬，在贯彻党中央决策部署上作选择，搞变通，打折扣，没有真正抓好落实。
督察组认为，甘肃省有关方面对中央确定的“五位一体”总体布局和新发展理念认识不深刻，片面追求经济增长和眼前的利益，在立法层面存在为破坏生态行为“放水”的问题。例如：《甘肃祁连山国家级自然保护区管理条例》历经三次修正，部分规定始终与《中华人民共和国自然保护区条例》不一致。国家的自然保护区条例规定“禁止在自然保护区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙”等10类活动，而在《甘肃省祁连山国家级自然保护区条例》中，却缩减为“禁止进行狩猎、垦荒、烧荒”等3类活动。
马国林指出：“3种（活动）恰恰是这几年很少发生的行为，而放水的7种行为恰恰是这几年多的，比如开矿这些行为，以法规的形式予以保留。”
不仅如此，在《甘肃省矿产资源勘查开采审批管理办法》里，也存在与国家相关法律不一致的情况。甘肃省国土资源厅党组书记副厅长王忠民说：“我们自己违反了国家的规定，在实验区、缓冲区设置了探矿、采矿，甚至在核心区也设置了探矿和采矿权。最为关键的问题是我们把国家的禁止改为了限制。”
不仅是省里制定的相关法规给保护区内开矿“让了路”，省里相关部门在为化解过剩产能制定方案时，也为保护区里一些煤矿的关闭“留了门”。“2016年2月，国发7号文印发，明确要求与保护区重叠的煤矿要尽快退出、关闭。我们没有将这些煤矿全部纳入2016-2020年去产能的方案里面，只有3户纳入了。”甘肃省能源局局长孟开说。
督察组指出，在祁连山生态环境保护方面，甘肃省从主管部门到保护区管理部门，从综合管理部门到具体审批单位，由于责任不落实，履职不到位，不作为，乱作为，监管层层失守，以致一些违法违规项目畅通无阻，自然保护区管理有关规定名存实亡。
2015年9月，环境保护部会同国家林业局就保护区生态问题，对甘肃省林业厅、张掖市政府进行公开约谈，甘肃省没有引起足够重视，约谈整治方案瞒报、漏报31个探采矿项目，生态修复和整治工作进展缓慢。截至2016年底，仍有72处生产设施未按要求清理到位。
督察组认为，在祁连山生态环境问题整改落实中，甘肃省普遍存在以文件落实整改、以会议推进工作、以批示代替检查的情况，发现问题不去抓、不去处理，或者抓了一下追责也不到位，不敢较真碰硬、怕得罪人、甚至弄虚作假、包庇纵容。
中央对祁连山生态环境保护问题专项督查过后，相关责任单位和责任人被严肃问责，甘肃省6月制定了整改落实方案。到目前为止，保护区内矿权中，143宗已经停产停工，42座水电站中，33座已建成的水电站严格按要求下泄生态流量，并建好了实时在线监控和预警监督管理系统，另外，其他生态环境整治修复工作也在进行当中。
房志表示：“自然保护区是生态保护的高压线，红线区，谁都不能动，谁都不能碰，真正保护好。我们下一步就是准备‘绿盾2017’专项行动，然后狠抓落实，敢于碰硬。”
甘肃祁连山国家级自然保护区生态环境问题具有典型性，教训十分深刻。如果经济发展了，但生态破坏了，环境恶化了，那样的小康、那样的现代化，不是人民所希望的。各地区各部门要切实引以为鉴，举一反三，把生态文明建设摆在全局工作的突出地位，既要金山银山，也要绿水青山，努力实现经济社会发展和生态环境保护协同共进。坚决把思想行动统一到党中央决策部署上来，严守政治纪律和政治规矩，坚决扛起生态文明建设的政治责任，正确处理经济发展和生态环境保护的关系，各部门要进一步转变作风，勇于担当、真抓实干，紧盯生态环境重点领域、关键问题和薄弱环节，以钉钉子的精神一项一项抓落实、一件一件抓整改，不彻底解决决不松手，务求取得实实在在的效果。任何时候都要记住，我们要“像保护眼睛一样保护生态环境，像对待生命一样对待生态环境。”
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