2011年我国生物质能发展缓慢的根源问题还是在于原料，收集困难，运行成本高，企业难以得到回报。如果原料供应短缺，资源收集难度大的问题得不到合理的解决将导致“十二五”规划的目标难以实现。
我国生物质能资源并不是很丰富，对于农作物来说最后一道应用才是能源，作为生物质能主要原料的秸秆就是其中的典型案例，秸秆还可以用于还田、造纸、直接燃烧等等，最后才会是收集上来用作生物质能，这也就导致生物质能产业运行成本高，企业竞争力低。另外，我国生物质能技术不是很成熟好用，经常出现问题。比如利用强压将秸秆等生产为生物质固体成型燃料，运输储存燃料磨损严重，模具长期使用也需要更换，而且强压用电能耗大。
在中国农村能源行业协会生物质能专委会秘书长肖明松看来，一直以来，困扰生物质能产业发展的原料供应短缺、生物质资源收集难度大、原料资源基础薄弱等问题依然存在。业内专家分析指出，原料投入占生物质发电项目总投入成本的70%以上，但国内生物质原料市场最近几年却成长缓慢。
虽然出台了《可再生能源法》，但这是大法、大的政策方向，缺乏具体的实施办法、细则，中国在税收、补贴、市场开拓等一系列的优惠政策扶持上尚有很多不足。生物质能产业的良性发展，需要当地政府配合企业建立一套完整的服务体系，比如设定固定的采集站点、采集价格等。同时还需要中石油、中石化等能源行业的大企业在销售方面提供帮助。
2012年，受国际能源大环境的影响较大。化石等传统能源价格走高，生物质能就可能成为热点。但是由于目前传统能源还较多，在能源行业里占据主要地位，生物质能还不能成为主角唱大戏。国家也有可能在生物质能行业的发展过程中，发现其他更适于取代传统能源的能源，也许就会放弃生物质能，生物质能的投资、企业的转型等又会出现新的问题
受车用乙醇汽油推广过渡期过长、普通汽油与车用乙醇汽油长期混用等问题的影响，2011年3月21日，世界规模最大的木薯乙醇生产企业——广西中粮生物质能源有限公司被迫全面停产。停产风波无疑为生物质能产业的发展蒙上了一层阴影，让业界开始直面并反思“停产”背后隐藏的种种问题。
在生物质一代燃料走出“与民争粮，与粮争地”的困境之后，我国生物质能产业界已经认清并调整了生物质能产业的发展方向，即利用非粮原料生产生物燃料。当前，在全世界范围内，第二代生物质燃料技术研发及产业化的发展已渐入佳境。我国对于二代生物燃料利用的途径正在向多元化方向发展，这也对生物质原料供应的多元化提出要求。
国家发展改革委能源研究所近期完成的研究报告显示，我国以非食用粮、糖类农作物为原料的燃料乙醇生产潜力近、中期约为1500吨；以废油为原料的生物柴油生产潜力近、中期约为200万吨；以油料林为原料的生物柴油生产潜力在中、长期约为数百万吨；以纤维素和藻类生物质为原料的先进生物燃料生产潜力在长期可达每年数千万吨。由此看来，以非粮作物或植物生产生物燃料的潜力越来越大，生物质原料的供应将继续朝多元化的方向发展。
