目前，全国碳市场机制顶层设计和建设正在国家发改委气候司领导下开展，涉及全国碳市场政策法规体系、减排总量目标和覆盖范围、配额分配方法、排放监测、报告和核查体系、交易规则和市场监管、登记簿系统、交易平台、碳金融、特殊企业参与碳交易等方面；同时“全国碳排放权交易管理办法”等一系列重要指导性文件也正在制定之中，将为建立全国碳市场奠定基础。
与试点碳市场相比，全国碳市场覆盖范围更加广泛，参与主体情况和市场诉求千差万别，因此，全国碳市场建设将面临更艰巨的挑战。根据全国碳市场建设要求，并结合试点碳市场运行情况，以下为几个全国碳市场建设中应予重视的问题。
首先，如何削弱地区差异性影响。就产业结构而言，2012年我国大陆14个省区市第一产业比重超过全国第一产业比重，海南省第一产业比重最高达到24.9%，而北京、上海第一产业所占比重不足1%；17个省区市第二产业所占比重超过50%，其中青海省比重最高达到57.9%；北京市第三产业所占比重最高，达到76.4%，上海、江苏、浙江、山东等8个省区市所占比重在40%-60%之间，其余省区市第三产业比重较低。就各省区市GDP而言，2012年北京、天津、上海、浙江、江苏、内蒙古六地人均GDP突破一万美元大关，而云南、甘肃省人均GDP仅为3500美元左右；GDP总量较高的省区市是一些GDP总量较低省区市的几倍甚至几十倍；中西部地区GDP增长率普遍高于10%，而东部大部分地区GDP增长率在10%以下。另外，产业结构相似的省区市，GDP总量较大的二氧化碳排放量较大，GDP增速较快的二氧化碳的排放量增速也较快。由此可见，我国各省区市的产业结构、经济发展水平和温室气体排放情况极不均衡。要建立全国碳交易市场并充分发挥其减排功效，必须充分考虑各省区市的差异性，才能在经济稳步发展的同时有效控制温室气体排放，才能体现全国碳市场公平发展原则。
其次，如何发挥政府作用。政府在碳市场的制度设计中起着至关重要的作用，碳市场的制度要素体现了政府意志。在碳市场运行过程中，排放配额的初次分配、排放MRV体系的建立和监管、市场监管、履约保障、登记簿系统的管理和能力建设等都离不开政府参与和政策保障。因此，从某种程度上说政府主导碳市场。但是，政府行政手段对碳市场发展如果干涉较多，很容易产生“一管就死”的现象，使得碳市场发展不能遵循市场经济规律运行，碳市场价格不能真实反映排放权的稀缺程度、市场供求关系和减排成本，弱化了碳市场的市场功能，减弱了碳市场的减排功效。因此，处理好政府和碳市场的关系，在某种程度上决定了碳市场的成败。全国碳市场建设应市场化与行政化结合有度，应以市场化为主导，强化发挥市场功能；政府应为碳市场建设提供强有力的政策支撑和资金撬动，在法律框架下做好对碳市场的监管，在市场需求框架下做好对碳市场的服务。
第三，如何将碳减排目标与节能目标、能源消费总量控制目标挂钩。碳减排可以对节能和能源消费总量控制形成“倒逼”机制，它们相互依托，相互促进。我国碳减排、节能和能源消费总量控制分属不同部门管理，政出多门；各种政策和指标较多，虽各有侧重，但互补性弱、重复度高；政策和部门协调难度大。另外，节能和能源消费总量控制拥有大量政策支持和多种国家补贴，因此，企业可能更愿意选择实施节能目标和能源消费总量控制目标，从而使碳交易的参与度和交易量大打折扣。因此，在建立全国碳市场时，应明确碳减排目标、节能目标和能源消费总量控制目标之间的关系，并通过有效协调机制使各类节能减排目标挂钩，强化政策协调和衔接，这样既可减轻企业的负担，又可进一步促进碳交易市场的快速健康发展。
