对于当初放弃按污染物要素划分机构，该前环保部官员认为，首要原因是部门合并的压力。“一下从30个处变成10个司，肯定就要砍。当时更多考虑到和有关部门对口，比如说和财政、发改、科技、政策法规、宣传教育相应的机构，肯定是都要有的，其他的处就只能合并了。”另一方面，“当时对要素管理意义的认识还是有一定欠缺。事实上国外一直都按要素来划分，已经探索过几十年了。”
环保部通报显示，环保部此次机构调整的原因是：“按环境要素设置水、大气、土壤三个司，主要目的是围绕环境质量改善的总目标，以水、大气、土壤三个有明确质量要求的环境介质管理为核心业务，理顺内部职责和业务关系，提高工作效率，更好履行环境保护的各项管理职能。”该前官员认为，这是重新回到了“老路子”上。
该前官员举例：“原来的总量控制司主抓四项指标，其中二氧化硫和氮氧化物是大气的，也就是说原来污染防治司有管大气的处，但它不能管这两项指标。这就把管理割裂了。”
环保人士赵亮也一直关注此次环保部机构调整，他认为，这是一次重要进步：“三司组建有助于明确环境质量管理职能部门的职责分工，同时适应新形势下环境治理要求，不仅仅是对水、气、土三个十条的落实，也为环保部门改革奠定了基础。”
总量司取消：“老百姓要看见环境质量的改善”
“总量司的设立，现在看来肯定是不成功的。老百姓想的是，你老宣称污染物总量在下降，但我们的亲身体验是环境质量在下降。”前述环保部官员透露，不仅是公众，一些领导也抱有同样的质疑。这是取消总量司的起点。
“总量减排是自说自话，总量司自己设立目标，达没达到只有你自己说了算，这导致内部有一些意见。”陈建鹏说道。
在此之前，总量控制是中国环保的一个重要抓手。总量控制制度早在1988年就被提起，直到1996年开始实施。因“十五”的污染减排目标没有完成，“十一五”期间，二氧化硫和COD这两项污染物第一次被列入约束性指标，环保总局与各地签订了责任书，由此开启了总量控制受到地方政府高度重视、环保系统倾力而为的减排历程。
“道理大家都明白，质量改善的基础和前提肯定是总量的减少。”陈建鹏并不完全否定总量控制的意义，“要实现环境质量根本上的改善，现在污染物的总量还要减少60%以上。至少还得20年。总量减排仍然是未来20年中国环境治理的一条主线。”
根据环保部今年确定的思路，未来环境管理在质量与总量的把握上，应体现这样的原则：质量改善是刚性要求的红线，绝对不能触碰；总量减排是硬性要求的底线，是最基本的要求。总量减排考核必须服从质量改善考核。质量改善和总量减排任务均未完成，将严格依法问责；质量改善了而总量未完成，将尊重地方的协同减排，从国家总量指标进行调剂，严格执行考核办法。
陈建鹏介绍，按照现在的“十三五”规划纲要，环保的四项指标仍然是作为总量控制的指标，只是分解落实的方法肯定还会有变化：以前是每个省有不同的总量指标，差异比较大。最新的方案可能是分成4-5个地区，每个地区有一个减排的指标。这样做的考虑是，每个地区的减排潜力和发展阶段不同。他认为，总量控制还是一个重要的抓手。
上述前环保部官员则认为，总量控制最大的问题是“一刀切”：“大气污染清单里面有二三百项污染物，总量控制光去控制四种，其他的污染物就被忽视了。现在强调环境质量改善，强调按要素治理，就是想解决这个问题。”
精细化监管是取消总量司、强调质量改善的应有之义。今年全国两会环保部的新闻发布会上，环保部长陈吉宁在回答提问时表示，做这样一项改革，主要目的就是要强化“以环境质量改善”为环保工作的核心。他说，水、土壤、大气是三个有明确质量要求的环境介质，将它们作为环保部的核心业务司，将进一步强化环保部的工作目标是围绕大气、水、土壤环境质量的好转和改善来梳理业务，强化工作要求，提高工作质量。
