2015年4月出台的“水十条”中明确城市人民政府是整治黑臭水体的责任主体，并提出2017年底前，直辖市、省会城市、计划单列市建成区基本消除黑臭水体；
2020年底前，地级及以上城市建成区黑臭水体均控制在10％以内；
到2030年，全国城市建成区黑臭水体总体得到消除。
黑臭水体生态治理的理念是大势所趋，但由于我国大部分河道治理公司初涉其中，经验不足，容易出现很多误区。
1．污染源治理与生态治理不同步
大部分河道水质恶化的主要原因是沿线点源和面源的排入。河道生态治理设计时，有些设计往往只关注生态措施的应用，而对引起水质恶化的源头未采取措施，污染源治理与生态治理不同步，治标而不治本，采用再多的治理措施也达不到好的效果，水质仍会继续下降，水生动植物难以存活，生态系统无法在此环境下构建成功，强化净化措施的作用有限且费用较高，无法体现河道生态治理的精神和目标。
因此，在设计时应分析河道的主要污染来源，并对主要污染源采取截流纳管、就地处理、沟渠净化、湿地净化等措施，有效降低入河污染物量后再开展生态治理，这样才能事半功倍。
2．不重视河道的流通问题
“流水不腐”体现了流动水体的净化能力及水质维持能力。但是，有些设计不重视河道的流通问题，对断头浜或者不流通的水体，根据现场情况采取生态护岸、植物构建、强化净化等生态措施，以期达到水质改善的目标。这些措施可能会达到预期的效果，但其稳定性不能保证，且运行维护管理工作量较大，运行费用高。
故设计时应积极探寻水体流动的方案，如水系沟通，利用涵管、新开挖沟渠等连通水系；水体循环，采用循环泵、搅拌机等改善水体流态，将水体循环流动起来；合理调度，利用外河水位差使水体流动，充分利用流水的自净能力及水质维持能力改善水质。
3．过度强调陆域景观设计
陆域景观能充分展现河道的治理效果，给人们留下美好的印象，而水生态系统位于水下，肉眼难以判别其水生态系统的完整和好坏，也无法判定水质改善程度。所以，有些设计过度强调陆域景观设计，将生态治理的资金大部分用于陆域景观的建设，将陆域绿化带设计的主题鲜明，美仑美奂，而忽视水下生态的构建，本末倒置，偏离了河道生态治理的总目标。
我们要认识到陆域景观园林化和景观化并不意味着生态化，思想要从“注重景观”转变到“生态与景观并重”，加强陆域及水域生态理念的体现，特别是要发挥陆域绿化的生态拦截缓冲功能。
4．河道本底调查不全面
传统的河道治理本底调查主要收集水文、泥沙、地质、规划、征地移民、地形等方面的资料。河道生态治理除以上资料外，还需要对河道的污染源、水质、水生态、底泥、陆域植物群落、水工构筑物调度运行等资料进行收集，必要时还需对水质，水生态、底泥等开展补充监测和调查。目前，大部分河道生态治理时很少对河道本底进行全面调查，至多收集水质方面的资料，对其余资料收集较少，或者收集不到相关的资料，而补充调查费用较高，建设方不愿意承担。
因此，河道本底资料不全面，很难对河道生态系统存在的问题进行正确诊断，无法说明生态系统受损及缺失的主导原因，则很难根据实际情况制定出针对性强、可行性好的生态治理方案。
5．忽视其他生境的构建
目前，从事河道生态治理的设计单位大部分是水利行业的，许多单位尚未配套生态、环境专业方向，或者有从事生态、环境设计的人员，对河道生态治理内涵理解不够深刻，部分设计人员认为河道设置了生态型护岸就是进行了生态治理，配上植物治理后就是生态河道了，其他的均按照规划断面进行设计，忽视其他生境的构建。
我们知道河道生境包含平面形态、断面形式、护岸材料、河底生境等，这些组合在一起才能形成连续而多样的生境基底，为水生动植物提供适宜的栖息环境。生态护岸只是河道生境构建的一部分，重视它的建设而忽视其他与之密切相关的生境的构建，达不到生境多样的目标，水生动植物生存仍会受到较大限制，制约了生态系统完整性的构建。
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