据采访的多位研究者认为，“五大湖”水环境治理要摆脱成果局限于“点”、很多措施还在“试”的面貌，进一步激发治理带来的生态边际效益。必须要深入下去，投入更多的资金、力量和资源，实行协同统筹、标本兼治。
划出湖泊生态“红线”
有受访专家认为，经过20多年的努力，我国的湖泊治理技术水平已不再落后于国外，有的甚至超过了发达国家。但是，湖泊治理技术是支撑，管理才是关键。要像我国划18亿亩耕地红线一样，亟须为“五大湖”这样具有重要区域生态战略地位的大型湖泊开发划一条生态“红线”。
只有首先划出了湖泊生态“红线”，遏制边治理边污染、边保护边破坏的现状，治理技术措施才能真正发挥作用。
多位受访专家认为，这条生态“红线”应包括水域面积控制线、绿化控制线、建设控制线等。需设立生态核心区域，禁止一切水产养殖和航运等开发利用项目，以确保湖泊的多样性“标本”得以保存。核心区域外还应设立缓冲区，避免外来干扰，减少人类活动对于核心区域的影响。缓冲区以外的区域，也应强制进行综合性规划，明确怎么保护、开发、治理。
长江水利委员会网络与信息中心主任、教授级高级工程师周少林说，关键在于执行力。他认为，应将湖泊的生态“红线”作为对地方政府的考核标准，作为地方落实中央提出的《关于全面推行河长制的意见》的最重要抓手之一，推动从“河长制”到“河长治”。
一位安徽省环保干部认为，在体制不顺、职责不清的问题暂时不能彻底解决的背景下，可以先行破解执法困境。相对集中湖泊行政执法权，统筹各个部门涉湖执法力量，相关涉湖管理部门将各自执法权限授予统一的湖泊执法机构，让红线真正“带电”。
“一湖一策”标本兼治
为了使“重病缠身”的“五大湖”重现秀丽容颜，各地政府付出了艰苦的努力。但巨大的投入尚未真正带来预期的结果。受访专家指出，一个重要原因是，长时间来，湖泊治理和保护方略的针对性仍然不够。
五大淡水湖泊，不仅湖泊成因各异，其周边的生态特点、流域经济产业结构和发展方式迥异，其受污染的种类和污染状况也各有不同。从湖泊承担的供水、生物多样性保护、休闲旅游等主导功能上看，即使在同一湖泊，不同湖区承担的主导功能以及各主导功能的重要性位序也会有较大差异。
湖泊学博士、江苏省太湖办原副主任张利民说，要根据湖泊承载极限等因素，实行一湖一功能的定位。既统筹湖泊流域水循环及其伴随过程，又结合该湖的自然地理与社会经济特色，充分考虑技术、经济层面的可行性和有效性，因地制宜地提出相应的湖泊治理和保护的优先措施，避免“眉毛胡子一把抓”。
具体说来，就是要实施“一湖一策”，
从流域层面研究江湖、河湖关系演变，协调防洪、蓄水工程布局与水质改善、生态保护要求；
从时空尺度研究污染分布、结构特征及迁移变化，源头减排、过程净化、末端扩容并举；
从湖泊水文特性出发研究水质与水量、水流、水位的内在联系和响应关系，优化闸坝调度和调节水文要素，发挥水流自净作用。
经过二十余年的湖泊治理探索，各地又迎来最新一轮治理规划，基本特点是引入“全流域综合治理”的理念。一位受访专家表示，湖泊全流域综合治理的路子是找对了，但要注意，复杂的湖泊污染问题仍需要辩证分析，还需要研究跨流域、跨地区统筹协调、共同治理，这样才能达到“精准治湖”目标。
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