财政部对吉姆西的处理决定中，是按照其第一次申报的1292辆减去吉姆西2015年实际销售量161辆后认定的，即吉姆西虚假申报1131辆。吉姆西则认为，应当以第三次申报的403辆为准，因为前两次吉姆西均撤回了申报，不应该将撤回的数字纳入最后统计。
对于骗补金额认定，吉姆西也有异议。吉姆西的主力车型是6米轻型客车。按照2015年的补贴标准，该型车可以获得30万元“国补”。而根据2016年标准，该型车只能拿到最多10万元国补。以2015年补贴标准，财政部按1131辆新能源汽车计算得出被骗“国补”计有2.6亿元。吉姆西认为，应当以不实申报的汽车数量乘以2015年和2016年“国补”差额进行计算。
吉姆西在起诉书中称：“被告（财政部）仅能针对不实申报的部分做出处理，而对于已经实际销售的车辆则应当秉持实事求是的精神既往不咎。”吉姆西进而认为，财政部应当以其2015年已经实际生产销售的403辆汽车发放补贴，补贴金额约为1.08亿元。
虚构生产销售业务
财政部认为吉姆西“骗补”行为恶劣，有关司局在9月8日的吹风会上称：其他企业骗补，是其车辆缺零部件未生产完成；而吉姆西则是根本不具备相应生产能力。通过编造采购、车辆生产销售等原始凭证和记录，上传虚假合格证，违规办理机动车行驶证等方式，“虚构新能源汽车生产销售业务”。
记者获得一份财政部检查组向吉姆西发出的《财政检查征求意见函》（下称“意见函”），落款日期为2016年4月22日。“意见函”一一列举核查发现的问题：
在采购环节，吉姆西在财务账簿上以暂估入账等方式编造采购数据，涉及关键零部件供应商4家。检查组认定，吉姆西在2015年共虚假入账1901套车身，1378组电池，“财务资料虚假严重，无法采信”。
在生产环节，吉姆西没有向检查组提供真实生产记录，仅以一份打印的生产计划表代替。而截至2015年年底，吉姆西共打印上传车辆合格证3659个，除撤销的650个外，上传数3009个，远远超过其实际生产数量。
另外检查组发现在吉姆西存档的1000余份“2015年轻客生产流程及质量检验记录卡”中，绝大部分没有拓印VIN码（车辆识别码），也没有机动车安全技术检验合格证书。VIN码在2004年成为我国强制标准。
在销售环节，吉姆西向检查组提交的数据是：2015年共生产销售新能源汽车2187辆。而检查组通过突击核查吉姆西销售部门，起获其销售电子台账，发现截至2015年底，吉姆西实际销售发货仅161辆新能源汽车，其中客车156辆，货车5辆。在状告财政部的起诉书中，吉姆西围绕销售情况解释说，个别员工电脑记录并不全面。
检查组还延伸核查了吉姆西7家新能源汽车客户，发现车辆普遍闲置，还有部分车辆未核查到。
在没有实际车辆的情况下，吉姆西还违规办理车辆登记手续（车辆牌照）。检查组发现吉姆西2015年底突击办理车辆注册登记共1435辆。
在“意见函”中，检查组也表明，吉姆西是随着“检查的深入”才进行申报数量调整。从时间看，吉姆西2月22日第一次申报，检查组对吉姆西进行核查是2月24日至3月24日，吉姆西第二次申报数量大幅缩减，正是在检查组进驻之后。
